٧ ـ استقصاء الاعتبار في تحرير معاني الأخبار .

٨ ـ استقصاء النظر في القضاء والقدر .

٩ ـ الأسرار الخفية في العلوم العقلية .

١٠ ـ الإِشارات إلى معاني الإِشارات .

١١ ـ الألفين الفارق بين الصدق والمين .

١٢ ـ أنوار الملكوت في شرح الياقوت .

١٣ ـ إيضاح الاشتباه في أسماء الرواة .

١٤ ـ إيضاح التلبيس من كلام الشيخ الرئيس .

١٥ ـ إيضاح مخالفة أهل السنّة للكتاب والسنّة .

١٦ ـ إيضاح المعضلات من شرح الاشارات .

١٧ ـ إيضاح المقاصد من حكمة عين القواعد .

١٨ ـ الباب الحادي عشر في أصول الدين .

١٩ ـ بسط الإِشارات في شرح إشارات ابن سينا .

٢٠ ـ بسط الكافية اختصار شرح الكافية .

٢١ ـ تبصرة المتعلمين في أحكام الدين .

٢٢ ـ تحرير الأبحاث في معرفة العلوم الثلاث .

٢٣ ـ تحرير الفتاوي والأحكام .

٢٤ ـ تحصيل السداد في شرح واجب الاعتقاد .

٢٥ ـ تذكرة الفقهاء .

٢٦ ـ تسبيل الأذهان إلى معرفة أحكام الإِيمان .

٢٧ ـ تسليك الأفهام في معرفة الأحكام .

٢٨ ـ تسليك النفس إلى حظيرة القدس .

٢٩ ـ التعليقة على كتاب أوائل المقالات للشيخ المفيد .

٣٠ ـ التعليقة على خلاف الشيخ .

٣١ ـ التعليقة على شرحه للتجريد .

٣٢ ـ التعليقة على عدة الشيخ .

٣٣ ـ التعليقة على المعارج .