أثر البستان ، وتبدّلت حكومات ودول كثيرة في بلاد فارس ، حتّى جاء عهد الدولة الصفوية.
وفي عهد الصفويّين اتّسعت مدينة شيراز حتّى وصلت البيوت إلى الارض التي ضمت جسد السيّد علاء الدين ، فعند ما كانوا يحفرون فيها لوضع أساس للبناء ، عثروا على جثّة شابّ جميل كأنّه قتل من ساعته ، واضعا يده على قبضة سيفه والمصحف الكريم على صدره ، فعرفوا ممّا لديهم من العلائم والشواهد ، أنّه هو السيّد علاء الدين حسين بن الإمام موسى بن جعفر عليهالسلام ـ وقيل : إنّهم وجدوا اسمه مكتوبا على جلد المصحف الكريم ـ فدفنوه بعد الصلاة عليه في محلّه.
وأمر حاكم شيراز أن يبنوا على قبره الشريف مكانا عاليا وبناء رفيعا ليتسع للمؤمنين والموالين الّذين يتوافدون لزيارته من كلّ صوب ومكان وبعد ذلك جاء رجل من المدينة المنوّرة ـ يدعى : الميرزا علي المدني ـ لزيارة مراقد السادة الشرفاء ، وكان ثريّا ومن الموالين لأهل البيت وذراريهم ، فقام بتوسيع البناء على مرقد السيّد علاء الدين ، وشيّد عليه قبّة جميلة ، واشترى أملاكا كثيرة فجعلها وقفا على ذلك المرقد الشريف ، وأمر بصرف وارداتها في شئونه ، كما وأوصى بأن يدفن بعد موته في جوار السيّد علاء الدين ، فلمّا مات دفنوه هناك ، وقبره اليوم في تلك البقعة المباركة معروف ، وقد كتب عليه اسمه ، وهو : «ميرزا علي المدني» ولا يزال المؤمنون يزورونه ويقرءون له الفاتحة.
ثمّ إنّه بعد ذلك أمر الملك إسماعيل الصفوي الثاني بتزيين ذاك البناء المشيّد وترميمه بأحسن وجه ، فنصبوا الكاشي والمرايا وزيّنوا الروضة المباركة بأفضل زينة ، وهو إلى الآن مزار عظيم ومشهد كريم ،