فالإمام الباقر عليهالسلام هو واضع علم الأصول وفاتح بابه لا ابن ادريس الشافعي كما ظن القوم من غير علم وأوّل من صنّف فيه هو هشام ابن الحكم صنّف كتاب الألفاظ ومباحثها وهو أهم مباحث علم الأصول وهو من أعاظم الشيعة الامامية الاثني عشرية ثم من بعده يونس بن عبد الرحمن مولى آل يقطين صنّف كتاب اختلاف الحديث ومسائله وهو مبحث تعارض الحديثين ومسائل التعادل والتراجيح وهو أيضا من فطاحل علماء الشيعة الامامية الاثني عشرية ثم أخذت حركة التأليف في الأصول من بعدهما بالتوسعة واشتهر منهم أئمة أعلام منهم أبو سهل النوبختي والحسن بن موسى النوبختي القمي وابن داود والشيخ المفيد والسيّد المرتضى وغيرهم عدد كثير من علماء الطائفة الامامية. فالقول بأن الشافعي هو واضع علم الأصول ظلم للحقيقة وخروج عن حدود الانصاف صدر عن بعض كتّاب المرتزقة العامة وقد ذكره ابن النديم في كتاب الفهرست أيضا في ترجمة مؤلّفات هشام بن الحكم.
أمّا تلامذة الامام الباقر عليهالسلام الذين ألّفوا في عصره (ع) فعدد كثير. منهم ثابت بن دينار له كتاب يرويه الشيخ الطوسي بطريق واحد وله كتاب النوادر وكتاب الزهد رواهما حميد بن زياد عن محمّد بن عياش وأبان بن تغلب وهو من المؤلّفين بشتى العلوم وكان من تلامذة الباقر والصادق (ع) ذكره ابن النديم وحجر بن زائدة الحضرمي له كتاب في الحديث يرويه عنه النجاشي بست وسائط وسلام بن أبي عمرة الخراساني له كتاب رواه عنه عبد الله بن جبلة والنجاشي باسناده إلى ابن جبلة عنه وهو من الكتب الموجودة الباقية بالهيئة الاصلية وكليب بن معاوية بن جبلة الصيداوي له كتاب في الحديث يرويه عنه جماعة منهم عبد الرحمن بن ابي هاشم ويرويه النجاشي بخمس وسائط عنه وغيرهم كثير لا يسع المقام ذكرهم.