من النجف سنة ١٢٤٧ ه (١) هاربا من الوبا وترك تدريسه والشيخ الاعظم دخل النجف سنة ١٢٤٩ ه وما كان للشيخ على مجلس درس فى هذه السنة فى النجف ، من المحتمل عزيمة الشيخ الاعظم الى كربلا وحضوره فى مجلس درسه.
على أي حال ، بعد فوت الشيخ على بزغ نجم الشيخ الاعظم وبلغ قمّة التحقيق والاجتهاد فى علوم الشيعة ، اما بعد ان مرض صاحب الجواهر (فى مرضه الاخير) اجتمعت العلماء فى دار الشيخ محمد حسن النجفى وانتخبوا لجنة تحت نظره لتعيين زعيم المرجعية من بعده لكن الشيخ الاعظم لم يحضر فيها فلم يره صاحب الجواهر بينهم واحضره وقربه وخاطب الجمهور وقال :
«هذا مرجعكم من بعدى ثم خاطب الشيخ الاعظم وقال : قلل من احتياطاتك يا شيخ فان الشريعة سمحة سهلة» لان الشيخ الاعظم كان كثير الاحتياط فى المسائل الشرعية.
امّا بعد فوت صاحب الجواهر (ره) قال الشيخ الاعظم : لست اهلا للتقليد وتقليد الاعلم فى نظرى واجب ومن زملائنا فى درس شريف العلماء كان محمد سعيد العلماء وهو كان أدقّ منى فى فهم المسائل الاصولية والفقهية وحاز مرتبة الاجتهاد ، وبعد اصرار القوم لم يقبل الشيخ الاعظم المرجعية واضطر الى مراسلة محمد سعيد العلماء وكتبه :
«قد علمت نبأ وفاة الشيخ صاحب الجواهر فاصبحت الطائفة فى حيرة من امر التقليد وقد راجعنى فيه فابيت حيث ارى وجوب تقليد الاعلم واعتقد
__________________
(١) ـ معارف الرجال : ١ / ٢٩٦.