واجتهد فى تأسيس مسائلها على اسس جديدة وقواعد حديثة متقنة على صورة اسلوب رصين ومنهج قويم واجراه فى دراسته وتدريسه كما نشاهده فى كتاب «المكاسب» وغيره ، وبعد ظهور هذا النبوغ والعبقرية ذاع صيته واشتهر مكانته السامية ومرجعيته فى العلوم الاسلامية فى العالم وحضر العلماء والفضلاء من اكناف البلاد فى حلقة درسه وبحثه واجتمعوا عليه وكثر جمعهم وازدحموا فى النجف واستمرت دراسة التلامذة قريب من ثلاثين سنة فى مدرسة الشيخ الاعظم واخذوا منهجه العلمية وانسوا ما قبله واستعملوه فى البحوث الفقهية بعده فى المدارس والحوزات العلمية ، وبفضل هذا المنهج اصبح اكثرهم من العلماء الاعلام والمحققين بل من المجتهدين المؤسسين كما مرت ترجمة حياة عدة منهم.

بعد الفحص عن نشاطهم العلمية يمكن تقسيم تلامذة الشيخ الاعظم الى طائفتين :

١ ـ طائفة يعدّون من المؤسسين لهم عرض حديث فى علم الاصول ومبانى الفقه اذ لم يكتفوا بما اكتسبوا من الاستاذ وتقرير دروسه بل يدعون لنفسهم ابتكارا وابداعا يخالف مدرسة الشيخ الاعظم ، منهم شيخ مشايخنا الامام المؤسس المحقق الشيخ محمد هادى الطهرانى النجفى قدس‌سره ـ وله انظار خاصة فى جميع العلوم الاسلامية فى الادب ـ المعارف ـ والكلام والاصول ـ الفقه والمقتل.

ومنهم الشيخ المولى على النهاوندى صاحب «تشريح الاصول» وله مدرسة خاصة فى الاصول ، اوضحها فى ذلك الكتاب.

امّا هذه الطائفة كانوا اقل قليل ، ما قاومت مدارسهم امام مدرسة الشيخ