نسخة المكتبة الأحمدية. وقد اعتراها نقص في عدد من الفقر ، واختصار لبعضها الآخر ، ومن ذلك ما حصل للآيات في سورة البقرة : ٣ ، ١٩ ، ٣٠ ، ٣٣ ، ٣٤ ، والأعراف : ١٧٢ ، ويونس : ٣٥ ، ٦٦ ، ٨٣ ، ويوسف : ٧ ، ١١ ، والإسراء : ١٠٦ ، ومريم : ٦٩ وغير ذلك.
٥ ـ نسخة آل عبد القادر :
ورمزت إليها بالحرف (ق) وهي من مخطوطات مكتبة الشيخ محمد بن عبد الله آل عبد القادر الأنصاري الخاصة في منطقة الإحساء (المبرّز) ، وقد صورتها بعثة معهد المخطوطات في جامعة الدول العربية ، وتمكنت من الحصول عليها والكتاب يطبع أوله ، فقابلتها بالأصل وأفدت منها. وأول هذه النسخة مبتور ، تبدأ أثناء سورة البقرة بقوله تعالى : (يَجْعَلُونَ أَصابِعَهُمْ) الآية ١٩ من السورة المذكورة. عدد أوراقها (٢٠٤) ورقة ، منها ثلاث في آخرها لا علاقة لها بالكتاب ، تدور حول شرح بعض آيات القرآن الكريم ، قياس هذه النسخة ١٥* ١٩ ، وفي الصفحة ٢١ سطرا ، وفي السطر ١٢ كلمة تقريبا. كتبت بقلم نسخي جيد ، مضبوطة بالشكل ، وفي آخرها إشارة إلى تاريخ النسخ ، وهي : «آخر كتاب مشكل إعراب القرآن ، وقع الفراغ من تسطيره في الخامس عشر من ذي الحجة ، حجة ست وعشرين وستمائة». والنسخة غفل من ذكر المؤلف ، فاعتبرت لمجهول ، ولعل ذلك راجع للسقط الذي في أولها. وهي من النسخ الجيدة ، بينها وبين نسخة الظاهرية تشابه كبير ، ولكنها تمتاز عنها بجودة ضبطها ، وصحة عبارتها ، وندرة أخطائها.
٦ ـ نسخة الأسكوريال :
ورمزت إليها بالحرف (ك) وهي من مخطوطات مكتبة الأسكوريال في مدريد ، تحت رقم (١٤٣٧ / ٢) على ما ذكر بروكلمان ، وتقع في ١٤١ ورقة ، وفي كل صفحة ١٨ سطرا ، وفي كل سطر نحو ٨ كلمات. وقد سقط جزء كبير منها ، ويزيد ما سقط على نصف الكتاب ؛ إذ تبدأ بإعراب الآية ٤