ويرى الآخرون أنّ الفاصلة كلّما ازدادت بينه وبين المؤسّسة كلّما أفل النشاط وقلّ الاهتمام بها كمؤسّسة تحقيق ، وهذا ما يضعف نتاجها ..
كما ويرى البعض أنّ المؤسّسة كانت ذراعاً استخدمه واستفاد منه السيّد الشهرستاني لنيل مطامحه ، وقد حقّق آماله ، فالمؤسّسة باتت إذن خارج سلّم أولويّاته رغم كونهاثمرة جهوده الشخصيّة ..
ويعتقد البعض أنّ غلق أحد فروع المؤسّسة أو تضاؤل عمل المركز لم يعد يهمّ السيّد كثيراً ولاسيّما أنّه بات ينظر الملاك والميزان في مقدار نجاحه على مستوى المرجعيّة ..
شئنا أم أبينا ، صارت المؤسّسة قربان المرجعيّة وضحيّتها الكبيرة ، خصوصاً إذا أضفنا إلى المذكور أعلاه ـ لو صدق ـ تحوّلها بعين الناس والواقع إلى بيت المرجعيّة ومعقلها الأساس في إيران رغم وجود مكتب سماحة السيّد مدّ ظلّه ، وغدت مهوى ذوي الحاجات والمشاريع والأعمال التي لا تمت بأيّة صلة لمؤسّسة تحقيق .. والكثير بات ينظر لها كمركز مرجعي خيري اجتماعي .. وقد سحب السيّد الشهرستاني إلى فلك مهامّه وشعاع أعماله خيرة طاقات المؤسّسة ليستفاد منها بنحو وآخر في اُمور المرجعيّة ..
تأ ثّر محيط التحقيق سلباً بالواقع الجديد ، والذي زاد الطين بلّةً خيبة أمل الموظّفين عموماً ، حيث كانوا يرجون بالحال الجديد خيراً على مستوى الأوضاع المعاشيّة والاقتصاديّة بعد سنين عجاف قضوها في