وقال الأفندي في « رياض العلماء » : ومن مؤلفاته أيضاً : كتاب ...
٢٢ ـ المطاعن المحرمية. نسبه إليه ولده الشيخ حسن في كتاب « عمدة المقال في كفر أهل الضلال » ونسبه إليه الشيخ المعاصر ( الحرّ العاملي ) في « الرسالة الاثنى عشرية في الرد على الصوفية » مع أنّه لم يذكره في « أمل الآمل » وقال في تلك الرسالة : ان الشيخ علي هذا ، أورد في ذلك الكتاب أخباراً كثيرة في الرد على الصوفية وذمهم وكفرهم ، وذكر فيه أيضاً وجوها عقلية متعددة في هذا المعنى. وله أيضاً :
٢٣ ـ رسالة في العدالة. و :
٢٤ ـ رسالة في الغيبة. وجواب أسئلة كثيرة ، واجازات كثيرة صغيرة وكبيرة ، و :
٢٥ ـ الرسالة الحجية ، نسبها إليه الصدر الكبير آميرزا رفيع الدين محمَّد في « ردّ شرعة التسمية » للسيد الداماد. وينقل عنها فيه. وقد رأيت نسخة منه مع شرح بعض علماء عصره عليها. وله أيضاً :
٢٦ ـ حاشية على « تحرير الأحكام » للعلامة في الفقه. وينقل عنها الشيخ حسن في فروع « معالم الدين » وصرح بأنه مأخوذ منها في هوامش الكتاب.
وأما رسالة الجمعة فهي داخلة في « شرح القواعد » على ما صرح نفسه به في بحث صلاة الجمعة من « شرح القواعد » وقال : « من أراد أن يفرزها فليفرزها فإنها رسالة برأسها في الحقيقة ». وأودع في تلك الرسالة القول بالوجوب التخييري في صلاة الجمعة في زمن الغيبة ، ولكن مع وجود المجتهد الجامع الشرائط. وكان هو مقيمها لأنّه نائب على القوم.
وقال حسن بيگ روم لو المعاصر للشيخ علي الكركي هذا في تاريخه بالفارسية ( أحسن التواريخ ) : وله أيضاً :
٢٧ ـ الرسالة الكريّة. و :
٢٨ ـ حاشية على « المختصر النافع » للمحقق كلتاهما لم تتما. و :
٢٩ ـ الرسالة في التعقيبات.