التنقل منهم الى جهات عديدة وانتهى الأمر بعد حروب الى أسر الامام المهدي وجماعة من أصحابه سنة ٧٩٤ ثم سجن في قصر صنعاء مدة سبع سنين وأشهر وفيها الف متن (الازهار) وشرحه بالغيث ووصل الى كتاب البيع وقد نقم العلماء الاعلام على علي بن صلاح في تعديه على الامام المهدي بالحبس وقد نصحه العلماء بتخليته لعلو رتبته في العلم والفضل وسبقه بالدعوة ومبايعة العلماء له فلم يقبل حتى كتب له السيد العلامة الهادى بن ابراهيم الوزير قصيدة قال فيها في آخرها :

وله كرامات يطول ذكرها وببركته صلح أهل الحبس أجمع وحفظوا القرآن عن ظهر قلب وحفظوا مسائل العلم. وجلالته