رعاه ورعى رفاقه الشيخ محمد تقي الفقيه والشيخ إبراهيم سليمان والشيخ حسين معتوق (١٤٠١ ه / ١٩٨٠ م) باهتمام نوعي مميز ابتداء من سنة (١٣٥٨ ه / ١٩٣٩ م) ، وفي الوقت نفسه كان المكي يتابع محاضرات المرجع السيّد عبد الهادي الشيرازي (١٣٨٣ ه / ١٩٦٢ م) والسيد محمود الشاهرودي في أصول الفقه ويتردد على مجالس السيد ملا صدرا الإيراني في الفلسفة الإلهية.
وخلال متابعة الدراسة المعمقة لدى هؤلاء الأساتذة المراجع ، كان يعدّ أصول مسودات مؤلفاته التي جاءت في أول الأمر شرحا لمحاضرات هؤلاء الأساتذة وتعليقا عليها في مجال الفقه الجعفري وأصوله. وهذا ما فعله بالتمام حول كتاب «العروة الوثقى» للإمام السيد محسن الحكيم الذي كان موضوع محاضراته على الطلاب المتقدمين في دراستهم الفقهية.
وخلال هذه المرحلة حصل السيد حسين مكي على الإجازات من أساتذته ، وكان أولها الإجازة من أستاذه الشيخ خضر الدجيلي إثر إنجازه دراسة «الرسائل للأنصاري». وبعد ذلك بفترة غير طويلة أصبح المكي مجتهدا مطلقا بموجب إجازة من المرجع الأعلى السيد