فلما أفضت الخلافة إلى المهدي استوزر علي بن يقطين وقدمه ، وجعله على ديوان الزمام وديوان البسر والخاتم ، فلم يزل في يده حتى توفى المهدي وأفضى الأمر إلى الهادي ، فأقره على وزارته ولم يشرك معه أحداً من أمره ، إلى أن توفي الهادي وصار الأمر إلى الرشيد فأقره شهراً ، ثم صرفه بيحيى بن خالد البرمكي » .

وقال العلامة في الخلاصة / ١٧٤ : « علي بن يقطين بن موسى البغدادي ، سكن بغداد وهو كوفي الأصل ، روى عن أبي عبد الله عليه‌السلام حديثاً واحداً ، وروى عن أبي الحسن موسى عليه‌السلام فأكثر ، وكان ثقة جليل القدر ، له منزلة عظيمة عند أبي الحسن عليه‌السلام ، عظيم المكان في هذه الطائفة . قال أبو عمرو الكشي : علي بن يقطين مولى بني أسد وكان يبيع الأبزار وهي التوابل ، ومات في زمن أبي الحسن موسى وأبو الحسن عليه‌السلام محبوس سنة ثمانين ومائة ... عن داود الرقي قال : دخلت على أبي الحسن عليه‌السلام يوم النحر فقال مبتدئاً : ما عرض في قلبي أحد وأنا في الموقف إلا علي بن يقطين ، فإنه ما زال معي وما فارقني حتى أفضت » !

وقال السيد الخوئي في المعجم : ١٣ / ٢٤٢ ، ملخصاً : « علي بن يقطين رحمه‌الله ثقة جليل القدر ، له منزلة عظيمة عند أبي الحسن موسى عليه‌السلام عظيم المكانة في الطائفة ...

ولعلي بن يقطين رضي الله عنه كتب منها : كتاب ما سأل عنه الصادق عليه‌السلام من الملاحم ، وكتاب مناظرة الشاك بحضرته عليه‌السلام ، وله مسائل عن أبي الحسن موسى بن جعفر عليه‌السلام أخبرنا بكتبه ومسائله ، الشيخ المفيد رحمه‌الله والحسين بن عبيد الله ... وعده ابن شهرآشوب من خواص أصحاب الكاظم عليه‌السلام .