ومنها : عدم انتشار كثير من الكتب المتوفّرة لدى علماء الإسماعيليّة في الدول الإسلامية.
لذلك واجهنا صعوبة في جمع المصادر الإسماعيليّة التي ذكرت حديث الثقلين ، لذا تجد أنّ عدد الكتب التي نقلنا منها الحديث ينقص بكثير عن كتب الإمامية الاثني عشرية ، وعن كتب الزيدية ، ولكن هذا العدد وإن كان قليلاً بذاته إلاّ أنّه كثير بالنسبة لما تقدّم من مشاكل حول كتب الإسماعيليّة.
هذا بالإضافة إلى منهج الموسوعة المتّبع الذي هو إلى القرن العاشر.
فمن بين عشرات الكتب الإسماعيليّة التي بحثناها عثرنا على عشرين مصدراً نقلت حديث الثقلين.
وكذا واجهنا صعوبة في ترجمة المؤلّفين ، وتوثيق كتبهم ; لنفس الأسباب المتقدّمة.