ولم يكتف بدراسة علوم الدين فقد شغف بدراسة الطب والفلك والهندسة والمنطق رغم نفور الكثيرين من هذه العلوم فسبق أوانه وكأنه تنبأ أن يدرس الأزهر يوما هذه المواد وجلس إلى (الشيخ على الزعتري) وكان عالما بالحساب والهندسة ودرس آثار (ابن الهيثم) في الرياضيات والبصريات وآثار (ابن سينا) في الطب والفلسفة.
ولم يترك كتابا قديما إلا استوعبه وترك مصنفات في كل فن في عصر اشتهر بالتخلف ولما زار مكة حاجا سنة ١١٧٧ ه استقبل أعظم الاستقبال وأقبل عليه العلماء إذ سبقته شهرته وأجله (علي بك الكبير) وكان يجلس الى دروسه وتولى المشيخة سنة ١١٨٢ ه وكان مهيبا لدى أمراء المماليك فلما نشبت الفتنة بين زعماء المماليك وأتباعهم من طائفتي (العلوية والمحمدية) فر (حسن بك الجداوي) من زعماء العلوية أمام مطارديه فلجأ لبيت الشيخ الدمنهوري فلم يجسر أحد على اقتحامه حتى أجاره (ابراهيم بك) وكان لا يعود من درسه إلا في وقت متأخر من الليل ويحرص على صلاة الفجر وتحدى علماء عصره بما كان يطرح من أسئلة معجزة ثم يقوم بالإجابة عنها مما جعل (علي بك الكبير) يتخذه استاذا ويستشيره في كثير من أمور الدولة وتركزت هذه الاسئلة في خمسة.
١ ـ (في إبطال الجزء الذي لا يتجزأ) وكان السائد أن المادة لا تتجزأ وكأنما سبق علماء الذرة في ذلك واستدل بقول الله (وما يعزب عن ربك من مثقال ذرة في الأرض ولا في السماء ولا أصغر من ذلك ولا أكبر إلا في كتاب مبين) والأصغر من الذرة هو نواتها (البروتون) والكويكبات الدائرة حول النواة (الالكترونات).
٢ ـ سأل (ما معنى قول ابن سينا ذات الله نفس الوجود المطلق) وهو سؤال عما يسميه الصوفية (بوحدة الوجود) وعلماء الإسلام ينزهون الله عن (الحلول والاتحاد).
٣ ـ سأل ما معنى قول أبي منصور الماتريدي (معرفة الله واجبة