وكان الامام يقود الجماهير باتجاه اسقاط حكم الطواغيت وازالته واقامة حكومة اسلامية تستند الى كتاب الله والسنّة المطهّرة ، وكانت الجماهير المسلمة في ايران وعلى رأسها علماء الدين وطلّاب العلوم الدينية تسير وراء القائد المقدام في سبيل تحقيق أهدافه.
ولكن السلطات المعادية للاسلام أيقنت بأنّه لن يخضع لارادتها فأبعدته بسبب دفاعه بقلمه ولسانه عن النواميس الإلهية ، وكان ذلك عند ما حدثت قضية معاهدة كاپيتولاسيون (مصونيت الخبراء الأمريكيين) في مجلس النّواب التي كانت سندا لرقية الشعب المسلم الايراني ، فقام الامام في محاربة هذه المعاهدة المؤلمة للاسلام والمسلمين ، وألقى ذلك الخطاب الهام والعالمي ، فأحسّت السلطات الخطر على نظامها الجبّار ، ولم تمض إلا ستة أيّام هاجموا بيته.
غير انّ الشعب المسلم ظلّ يدافع عن قائده ، ويطالب بارجاعه الى ايران ، حتى كان قتل رئيس الحكومة يومذاك من أظهر هذا الاستنكار ، فالتجأت الحكومة الى ابعاد القائد الى النجف الأشرف ، وبقي هناك ما يضاهي خمسة عشر عاما ، مستمرا على جهاده ضدّ الشاه العميل ، وكان بين حين وآخر يلقي خطاباته في المناسبات الخاصة ويرسل المنشورات ، وتوزّع في ايران.
ولمّا نشرت بعض الأيادي العملية مقالة أرادت بها الحطّ في قيمة الامام وتشويه صفحته الناصعة اشتدت مقاومة الشعب المسلم وعلى رأسه رجال الدين ضدّ الشاه العميل.
وفي هذه الأثناء اضطرّ القائد الى مغادرة النجف الأشرف حيث انتقل الى فرنسا ، حيث امتنعت جميع حكومات البلاد الاسلامية عن استقباله اكراما للشاه المقبور.
فكان يواصل جهاده بشدة ويقود الشعب المسلم في ايران ، وكان الشعب المسلم في ايران ينفّذ كلّ أوامر الامام القائد بحذافيرها مطالبا بعودة زعيمه من المنفى ، وكان يعبّر عن ذلك بالخروج في مظاهرات مليونية ، مما اضطرّ الشاه الى الهرب من ايران خوفا على نفسه.