بعد تعميرات المرحوم السلطان سليمان ب (٢٩٣) سنة أبلغ الباب العالى أن أعلى قبة مسجد السعادة قد انشق ، وبناء على الأمر السلطانى الذى صدر لأشراف مكة فهدموها وجددوا أعلى القبة وجعلوها فى غاية المتانة والرصانة ، وحتى تصان قبة حجرة السعادة من التراب والغبار صنع بين القبتين سقف احتياطى وجعل العمال يشتغلون فى غاية الأدب فى الداخل ، وقد تطوع كثير من أهالى مكة فى هذا العمل متيمنين متبركين ، ولما أبلغ الأمر إلى باب من له القرار أرسل السلطان محمود خان العدلى من جيبه الخاص الهدايا للأشخاص الذين عملوا متطوعين متيمنين.
وبعد الحساب نال كل واحد منهم مائتين وخمسين قرشا وذلك فى سنة (١٢٣٣ ه).
وكان لون قبة مسجد السعادة الكبيرة إلى سنة ١٢٥٣ ه فى لون الرصاص ، وكانت تعرف بالقبة البيضاء والقبة الزرقاء والقبة الفيحاء وبناء على الأمر الذى صدر من السلطان المشار إليه طلوها باللون الأخضر وبعد ذلك أطلق عليها القبة الخضراء ، وفى سنة ١٢٨٩ ه جدد لون القبة الشريفة المذكورة باللون الأخضر وفى الجهة القبلية منها وفى محاذاة الحجرة الشريفة باب صغير ، وكان يقال لهذا الباب فى ذلك الوقت باب القبة البيضاء ، وكان ذلك البويب قد فتح بناء على رأى السيدة عائشة ؛ وقد غطى شاهين الشجاعى باب القبة البيضاء بقفص من حديد ـ كما ذكر فى بحث القبور الثلاثة ـ وفتح نافذة تحت الباب المذكور وفى محاذاة النافذة التى فوق قبة الحجرة المعطرة نافذة أخرى غطاها أيضا بقفص ؛ ولما كانوا قد ركبوا مصراعا لهذه النافذة كانوا يفتحون ذلك المصراع عند الدعاء ، أما فى زماننا يفتحون باب التوبة.
والشكل الآتى بين هيئة حجرة السعادة التى جددت فى عهد السلطان قايتباى سنة ٨٨١ ه وتحت نظارة شمس بن زمن وبما أنها ظلت سليمة بعد الحريق الثانى فهى ما زالت باقية إلى الآن.