مقرونا بالدعاء أن يحسن الله لهم الجزاء ويهبهم الثواب ، وهذه المكتبات وإن كان بعضها مستقلا بخزائنه كشروط أصحابها إلا أنها مسجلة ومفهرسة ضمن المكتبة العامة ، ويجري الانتفاع بهما معا دون تمييز ، وهذه هي أهم هذه المكتبات مرتبة حسب أهميتها :
١ ـ مكتبة سليمان أباظة باشا ، وقد أهداها ورثته إلى الأزهر سنة ١٨٩٨ م عملا بمشورة الإمام محمد عبده كما أسلفنا ، وهي أنفس المكتبات الخاصة بالمكتبة الأزهرية ، يستأثر فنا التاريخ والأدب بغالب كتبها ، وتمتاز بكثرة المخطوطات وبخاصة الفنين المذكورين ، وعدد مجلداتها ١٤٨٤ مجلدا ، وبها جملة صالحة من مطبوعات أوربا.
٢ ـ مكتبة حليم باشا ، وقد وزعت بين المكتبة الأزهرية ووزارة المعارف في أغسطس سنة ١٩١٢ ، وخص المكتبة الأزهرية منها نحو ٢٨٥٧ مجلدا ، ويظهر من فنونها : القراءات والحديث والتصوف والطب والفلك والتاريخ ، وبها كتب في بعض الفنون باللغات التركية والفارسية ، وكثير من كتبها بخطوط جيدة موشاة بالذهب.
٣ ـ مكتبة الشيخ عبد القادر الرافعي المفتي المتوفى سنة ١٣٢٣ ه وقد وقفت بخزائنها الخاصة بها على الأزهر في مارس سنة ١٩٢٧ م ووضعت في حجرة خاصة بها ، وعدد مجلداتها ١٤٥٧ مجلدا ، وهي أغنى المكتبات الخاصة بفن الفقه الحنفي ، وبها مخطوطات في هذا الفن يقال إنها من النوادر العالمية كشرح السندى على الدر المختار.
٤ ـ مكتبة المغفور له الشيخ محمد بخيت المطيعي مفتي الديار المصرية المتوفى سنة ١٩٣٥ م وقد وقفها في حياته بخزائنها الجميلة ، ونفذ ورثته رغبته سنة ١٩٣٨ م ، وعدد مجلداتها ٣٣٦٥ مجلدا في فنون مختلفة يغلب فيها الفقه على مذهب أبي حنيفة.
٥ ـ مكتبة المغفور له الشيخ الامبابي شيخ الجامع الأزهر المتوفى