الإسلامية الكبرى ، ولبث روح الحياة والإصلاح فيها. وكانت مكانته في نفوس الجماهير من العلماء والطلاب تساعده على الإصلاح. وكان أكثر الأزهريين تقديرا للكفايات من العلماء والطلاب وتشجيعا لها ، كانوا يأخذون عليه تدخله في السياسة ، وقيام إدارته في الأزهر على العصبية ، ولكن ذلك شيء تافه لا يقاس بجانب ما أحدثه في الأزهر من ثورة وحياة وتجديد.

لقد انتهت بعد المراغى الاجتماعات في المناسبات الدينية التي كانت تضم الألوف من القادة والعلماء والطلاب والجماهير. وحوربت وعطلت أقسام الدراسات العليا في الأزهر. وساءت أمور الأزهر ، وضعف نشاطه العلمي.

استقال رحمه الله من مشيخته الأولى في آخر سبتمبر سنة ١٩٢٩ على أثر تأخر صدور المرسوم الملكي بقانون الأزهر الجديد ، وقد حاول رئيس الوزراء آنئذ وهو المرحوم محمد محمود باشا إقناعه بالعدول عنها ، ولكنه لم يقبل ، وصدر المرسوم الملكي بتعيين الشيخ الظواهري شيخا للأزهر في أوائل أكتوبر سنة ١٩٢٩.

وأذكر أنه لما تولى المراغى مشيخة الأزهر للمرة الثانية ، استقبله الأزهر استقبالا كريما ، وأقام له حفلة تكريم في يوليو عام ١٩٣٥ بسراي معرض الجيزة بالقاهرة حضرها حشد كبير من الشخصيات الكبيرة ورجال الدين ، ودعى ممثلو طلبة المعاهد الدينية لإلقاء كلمات في هذه الحفلة ، وكنت ممثلا لطلاب معهد الزقازيق الديني ، وكان ممثل الأساتذة الأستاذ الكبير الشيخ محمود النواوي وكنت قد أعددت حينئذ كلمة لألقائها في الحفلة ، ولكن عدل عن إلقاء ممثلي المعاهد لكلماتهم ، لضيق الوقت وكثرة الخطباء ، وكان من هذه الكلمة التي أعددتها حينئذ ، وأنا طالب في السنة الرابعة الثانوية بمعهد الزقازيق الديني :

في هذا اليوم الخالد والحفل الحاشد تتحدث الأجيال عن الأزهر