وأصبح مرجعاً وزعيماً دينياً تمكن من الاصلاح والهداية ونشر المعارف.

بما ان استقر به المقام حتى بدأ يعمل ويخطط لأمّته كأي مصلح عظيم ، ويرعى الجانب العلمي ، كما دعم الجانب الاجتماعي والسياسي وكانت له مواقف مشهودة سجلها التاريخ بكلّ اكبار وتقدير.

ففي الجانب العلمي : نظّم السيد ـ رحمه‌الله ـ في « صور » الدراسة العلمية وهذّبها من كلّ ما يعرقل سيرها ، ثم كان على اتّصال مستمر بالبحث والمطالعة والكتابة والمناظرة ، وكانت حصيلة تلك الجهود العلمية مجموعة كبيرة من المؤلّفات القيّمة.

وقام كذلك بفتح مدارس علمية ليوفر عدد طلاب العلوم الدينية ويشجعهم على الاستمرار العلمي ، ووضع نواة لكلية جعفرية ، تولى العناية بها من بعده ولده العلامة السيد جعفر شرف الدين.

أمّا في الجانب السياسي والاجتماعي : فقد كان السيد ـ رحمه‌الله ـ مثال القائد المصلح الذي يحاول أن يبني لاُمّته كياناً ، فكانت له مواقف خالدة ضد الاستعمار الأجنبي في العهد التركي والعهد الفرنسي وذلك لاقامة العدل ، ولصموده واستقامته حاولوا اغتياله بيد أحد المرتزقة يعرف بـ « ابن الحلاج » ، ولكن الله تعالى كفّ أيديهم عنه لكن بقيت مؤامراتهم متّصلة إلى أن أدّت إلى تشريد السيد بأهله وذويه نحو دمشق وترك مكتبته العامرة تحترق بيد الجيش الفرنسي.

أسفاره :

ولم يدم بقاء السيد طويلاً في دمشق ، فقد ضاق الفرنسيون به ذرعاً ، إذ