يلاحظ من مجمل ممارساته الفقهية أنّه لم يأخذ بالأقوال المتطرّفة للعلماء الأخباريّين الذين سبقوه. هذا كلّه بالنسبة لمنهجية الحدائق.
وفي قبال ذلك ما يرتبط بمنهجية الشيخ النجفي في موسوعته الفقهية جواهر الكلام والمستفادة أيضاً من خلال عرض بعض الأمثلة والتطبيقات من متن كتابه فقد أظهرت الدراسة استقراء المصنّف للأخبار المروية في المسائل الفقهية المبحوثة في الكتاب طبقاً لمشربه الأصولي في الحديث ، وأنّه في كثير من الأحيان يتعرّض إلى ما يتعلّق بأسانيد تلك المرويّات سواء الرجالية منها أم الدرائية ، ومن الملفت أنّ كثرة المصادر والمراجع المنقول عنها في الكتاب وتعدّدها وتنوّعها تمنح للباحث كمّاً هائلاً من عناوين تلك المصادر على اختلاف أزمنة تأليفها وتدوينها وتنوّعها وتكثّر مصنّفيها ، ويضاف على ما ذكر اشتماله على أكثر الأقوال الواردة في المسألة الفقهية بما في ذلك تلك المنقولة عن غير الإمامية بل غير الشيعة أيضاً وتصنيفها ضمن عناوين متفرّقة ، وهذه الخصوصية هي التي دعت الشيخ الأنصاري لأن يعدّه المرجع الفقهي الذي يستغني به الفقيه عمّا سواه من المراجع الفقهية الأخرى ، كما وأنّ اعتداده بالإجماع والشهرة كأدلّة على الحكم الشرعي طبقاً لما تمليه عليه طريقته الاجتهادية صار سبباً لطغيان لغة الإجماع والشهرة والضرورة على الكثير من المسائل الفقهية المتفرّقة في جميع أبواب الكتاب ، فصار سبباً في إثراء الكتاب بالفتاوى الكثيرة المستندة إليها ، وصار يجبر بها ضعاف الأخبار ويوهن بسببها صحاحها ويفسّر استناداً إليها مجملها ويقدّم لأجلها ما تعارض منها.
إنّ كتاب الجواهر لَهو أضخم موسوعة فقهية كاملة ، لتفرّده باشتماله على