الرحلة لم تتم. لأن الشروط التي اشترطها أغضبت السلطان ، فأمر بسفره إلى المدينة.
* وقام الشنقيطي في المدينة باستنساخ عدة كتب منها : أساس البلاغة للزمخشري ، وبعض الدواوين الشعرية ، ويبدو من الكتاب الوحيد المطبوع له وهو «الحماسة السنية الكاملة المزية» أنه كان على صلة وثيقة في بداية أمره ، بعلماء المدينة في تلك الفترة من أمثال عبد الجليل برادة. وإبراهيم الأسكوبي ، كما تثبت مصادر أخرى قيام علاقة علمية بينه وبين الشيخ أمين ابن حسن الحلواني المدني. ولكن الشنقيطي والحلواني لم يستقرا بالمدينة ، فنزحا إلى مصر. ولقد أحضر الشنقيطي مكتبته من المدينة ، وأقبل على المطالعة والإفادة إلى أن توفي بدار سكنه القريبة من الأزهر سنة ١٣٢٢ ه ومثله الحلواني الذي أحضر مكتبته التي تحتوى على نفائس المخطوطات وفي مختلف الفنون. والتي قامت مؤسسة بريل E.J.Brill في ليدن.Ledien بشرائها منه لتصبح جزءا من مقتنيات هذه المؤسسة المعروفة باحتوائها على نوادر المخطوطات العربية حتى الوقت الحاضر.