كما قام كاتب النسخة بكتابة بعض الكلمات القرآنية بخطّ مذهّب : حيث كتب جميع الأسماء الحسنىٰ والصفات الإلهية ، وعبارات من قبيل : (الحمد لله) ، و (لا إله إلّا الله) ، و (يتوكّلون) ، و (سبحان) ، و (يا أيّها) ، وتعابير من قبيل : (بكلّ شيء) ، و (يسألونك) ، و (كن فيكون) في بداية ونهاية السطر بخطّ مذهّب. وكان قد كتب جميع الحركات الإعرابية في هذه الكلمات بلون ذهبي أيضاً. وقد صرّح الكاتب في التوضيحات التي أدرجها في نهاية النسخة قائلاً : إنّه سعىٰ جاهداً إلىٰ وضع هذه الكلمات في بداية ونهاية السطر كي تمنح القارئ مزيداً من الجاذبية عند النظر إليها (الصور ١٢ و١٣). وقد وضعنا أدناه فهرسة لأهمّ هذه الكلمات الخاصّة المذهّبة التي جاءت في مصحف الزنجاني ورتّبناها ضمن الجدول التالي :

ولا بأس بالإشارة إلىٰ أنّ كلمة (شرع) أتت مرّة واحدة في القرآن (الشورىٰ :