كما أنّ الإمام عليه‌السلام اتّخذ المناهج التفسيرية التالية في تفسيره للقرآن الكريم وهي عبارة عن تفسير القرآن بالقرآن ، تفسير القرآن بالسنّة ، تفسير القرآن بواسطة الدليل العقلي القطعي ، تفسير القرآن بما توصّل إليه البشر من التطوّر العلمي ، تفسير القرآن بالتاريخ.

فمن جملة القواعد التفسيرية الواردة ضمن التفسير المأثور عن الإمام الرضا عليه‌السلام يمكننا الإشارة إلى الموارد التالية : الاهتمام بالقراءة الصحيحة ، الاعتناء بمفاهيم الكلمات ، الاهتمام بالقرائن مثل السياق ، سبب النزول ، الاعتناء بخصائص المخاطب ، وسائر الآيات القرآنية والضرورات الدينية ، بحيث يمكننا من خلال هذه القواعد التفسيرية الواردة في روايات أهل البيت عليهم‌السلام أن نكوّن في تفسير القرآن مجموعة من المناهج والقواعد التفسيرية.

إنّ روايات الإمام الرضا عليه‌السلام مضافاً إلى التفسير تشتمل على التأويل ، بيان المعنى الباطني ، تعيين المصداق ، تبيين المعارف الاعتقادية والأمور الغيبيّة وتفصيل آيات الأحكام.

هذا وإنّ تبيين بواطن وحقائق الآيات إنّما هو من اختصاصات المعصومين عليهم‌السلام الراسخون في العلم ومنحصرٌ بهم.