أنجب عدّة من الأولاد منهم :
١ ـ الشيخ محمّد : وكان مجمعاً للكمالات وقد ضمّ إلى فضيلة العلم صلاح النفس وكفاه فضلاً أن يقول المرجع الديني الشيخ عيسى الخاقاني (١٣٣٧هـ) في حقّه : أنّ الشيخ محمّد كان قليل النظير في العلم والفضيلة ، ولم يعقّب ولداً ذكراً ، وله بنت تزوّجها ابن عمّها الشيخ عبد المحسن وأنجب منها الشيخ عبد المنعم كما سيأتي.
٢ ـ الشيخ حسين : وقد كان رجل صلاح وفضيلة إلى جانب كبير من التقوى وكان ذا حافظة قويّة جدّاً يحفظ القصيدة الطويلة إذا سمعها مرّة واحدة ، توفّي شابّاً في حياة أبيه وقد خلّف ولدين هما :
١ ـ الشيخ عبد الله (١٣٣٣ هـ) : توفّي عن ولدين فاضلين توفّيا شابّين وهما : الشيخ محمّد والشيخ عليّ.
* ٢ ـ آية الله الشيخ عبد المحسن الخاقاني (١٢٨٩ هـ ـ ١٣٧٢ هـ) : كان من أساتذة الفقه والأصول ومشايخ الإجازة والرواية ، عالماً فاضلاً محدّثاً مجتهداً متتبعاً جليلاً وهو سناد هذه الأسرة وعمادها المقدّم ، ولد رضوان الله تعالى عليه في سنة (١٢٨٩ هـ) في إحدى قرى لواء الناصريّة (سوق الشيوخ) ونشأ برعاية جدّه الشيخ علي الخاقاني حيث توفّي أبوه شابّاً ـ كما سبق ـ وهو طفل صغير لم يتجاوز السنتين من عمره ، فعني الجدّ به عناية خاصّة وسعى في تربيته غاية السعي وكان يتوسّم فيه العلم والفضيلة والصلاح حتّى أوصى به عمّه الشيخ محمّد حين موته قائلاً : أي بُني إنّي لأتوسّم في هذا الفتى ابن