على أساس ترتيب الحروف الهجائية ، إلاّ أنّ الشيخ آقا بزرك امتاز بملاحظة عدّة أمور سار عليها في موسوعة الذريعة ، ذكرها في المقدّمة ، وهي تتلخّص في النقاط التالية :

١ ـ لم يذكر الشيخ المكتبات الشخصية لتداولها وانتقالها من شخص إلى آخر ، ويكتفي بذكر محلّ النسخة إذا كانت في المكتبات العامّة.

٢ ـ اعتمد الشيخ آقا بزرك على تشيّع المؤلّف بأدنى القرائن ، كشهادة عدلين ، أو عدل واحد خبير ، وهو ما أثار إشكالات على الذريعة ، كما تقدّم ثمّ إذا لم يطمئنّ الشيخ بتشيّع المؤلّف ، يذكر الكتاب معقّباً عليه بقوله : «راجع».

٣ ـ أسماء الكتب المشتركة وقد راعى في ترتيبها اسم المؤلّف ، بحيث ذكر أسماء المؤلّفين على ما اشتهروا به من اسم أو لقب أو كنية. علماً أنّ الأسماء المركّبة نحو (محمّد محسن) قد راعى فيها حروف الجزء الثاني من الاسم ، وذكر الأسماء المفردة قبل المركّبة مثل (حسن) مقدّمٌ على (حسن عليّ).

٤ ـ وأمّا العناوين ذات المصاديق الكثيرة ، فقد جاء ترتيبها على النحو التالي :

أ ـ العنوان الذي يرتبط بكتاب آخر ـ كالتعليق والحاشية والترجمة ونحوها ـ لا يراعى فيه العنوان ، بل يُذكر على ترتيب حروف الكتب المرتبطة بها كالتعليق والحاشية والترجمة ونحوها.