الأئمة الاثني عشر على مذهب الامامية ، وكان من سادات أهل البيت ، ولقب بالصادق لصدقه في مقالته ، وفضله أشهر من أن يذكر ، وله كلام في صفة الكيمياء والزجر ، وكان تلميذه ابو موسى الزاجر جابر ابن حيان الصوفي الطرسوسي قد ألف كتابا يشتمل على ألف ورقة تتضمن رسائل جعفر الصادق وهي خمسمائة رسالة.

وقال القرماني في ص ١١٢ (الفصل الخامس) في ذكر عالم الحقائق والدقائق الامام جعفر الصادق رضي الله عنه ، وكان من بين اخوته خليفة أبيه ووصيه ، نقل عنه العلوم ما لم ينقل عن غيره ، وكان رأسا في الحديث ، وروى عنه يحيى بن سعيد وابن جريح ومالك بن أنس والثوري وابن عيينة وابو حنيفة وشعبة وابو أيوب السجستاني وغيرهم ، وقد نقل إن كتاب الجفر الذي بالمغرب يتوارثه بنو عبد المؤمن.

ونقل ابن شهرآشوب عن مسند أبي حنيفة : إن حسن بن زياد قال : سمعت أبا حنيفة وقد سئل من افقه الناس ممن رأيت؟ قال : جعفر ابن محمد الصادق لما طلبه المنصور من المدينة أرسل الي وقال : قد فتن الناس بجعفر بن محمد فتأهب أن تسأله اشكل مسائلك ، فأحضرت له اربعين مسألة ، فأحضرني المنصور وكان في الحيرة فقصدته ورأيت جعفر جالسا عن يمينه ، فلما وقع نظري عليه هبته هيبة لم أهب مثلها المنصور مع شدة بطشه ، فسلمت عليه فأشار الي بالجلوس ، فتوجه الى الصادق وقال : يا أبا عبد الله إن هذا أبو حنيفة. فقال : أعرفه. ثم توجه إليّ المنصور وقال : سل أبا عبد الله عن مسائلك ، فما زلت اسأله فيجيب ويقول : أنتم تقولون كذا وأهل المدينة يقولون (يعني به نفسه الشريف) كذا ، وكانت فتواه تارة موافقة لنا وأخرى موافقة لأهل المدينة وربما خالف الجميع في بعض فتواه ، فلم يخل بواحدة منها ، إذا فأعلم الناس