بالفضل في العلم والزهد والسؤدد ، وكان اعظمهم قدرا وأجلهم في العامة والخاصة ، ولم يظهر عن أحد من ولد الحسن والحسين (عليهماالسلام) من علم الدين والآثار والسنة وعلم القرآن والسيرة وفنون الآداب ما ظهر عن أبي جعفر ، وروى عنه معالم الدين بقايا الصحابة ووجوه التابعين ورؤساء الفقهاء المسلمين ، وكتبوا عنه تفسير القرآن.
وقال ابن سعد في (الطبقات) : وكان محمد الباقر عالما عابدا ثقة ، وروى عنه ابو حنيفة وغيره.
وقال ابن خلكان (في الوفيات) وكان الباقر عالما سيدا كبيرا ، وإنما قيل له الباقر لأنه تبقر في العلم ـ أي توسع.
وقال ابن حجر في الصواعق : أظهر الباقر من مخبئات كنوز المعارف وحقائق الأحكام والحكم واللطائف ما لا يخفى الاعلى منطمس البصيرة او فاسد الطوية والسريرة.
وقال ابن ابي الحديد في شرح نهج البلاغة : كان محمد بن علي بن الحسين (عليهالسلام) سيد فقهاء الحجاز ، ومنه ومن ابيه جعفر تعلم الناس الفقه.
قال الفيروزآبادي في قاموس المحيط : لقب بالباقر لتبحره بالعلم.
وفي لسان العرب لابن منظور : لقب به لأنه بقر العلم وعرف اصله واستنبط وتوسع فيه ، والتبقر التوسع.
وجاء في أمالي ابي علي القالي قال : دخل ابو جعفر محمد بن علي بن الحسين (عليهالسلام) على عمر بن عبد العزيز فقال : يا أبا جعفر أوصني. قال : أوصيك أن تتخذ صغير المسلمين ولدا ، واوسطهم أخا ، وكبيرهم أبا ، فارحم ولدك ، وصل اخاك ، وبر اباك ، واذا صنعت معروفا فربه ـ أي أدمه.
وقال الذهبي في تذكرة الحفاظ ج ١ ص ١١٧ الطبقة الثالثة من التابعين : ابو جعفر محمد بن علي بن الحسين (ع) الثبت الهاشمي العلوي احد الأعلام ،