ويقول في دعائه : «يا نور النور ، يا برهان ، يا منير ، يا مبين ، يا ربّ اكفني شرّ الشرور وآفات الدهور ، وأسألك النجاة يوم ينفخ في الصور».
منها دعائه عند التسبيح : «سبحان من هو دائم لا يسهو ، سبحان من هو قائم لا يلهو ، سبحان من هو غنيّ لا يفتقر ، سبحان الله وبحمده».
ومنها دعائه عليهالسلام للحرز : روى السيّد الأجل عليّ بن طاووس في مهج الدعوات : «بسم الله الرحمن الرحيم ، يا عزيز العزّ في عزّه ، ما أعزّ عزيز في عزّه ، يا عزيز أعزّني بعزّك وأيّدني بنصرك وادفع عنّي همزات الشياطين ، وادفع عنّي بدفعك وامنع بصنعك واجعلني من خيار خلقك يا واحد يا أحد يا فرد يا صمد».
ومنها دعاء الحجابيّة : قال السيّد في مهج الدعوات عند ذكره ما اختاره من الحجب المرويّة عنهم عليهمالسلام : حجاب عليّ بن محمّد عليهماالسلام :
«وإذا قرأت القرآن جعلنا بينك وبين الذين لا يؤمنون بالآخرة حجابا مستورا ، وجعلنا على قلوبهم أكنّة أن يفقهوه وفي آذانهم وقرا ، وإذا قرأت القرآن فاستعذ بالله من الشيطان الرجيم إنّه ليس له سلطان على الذين آمنوا وعلى ربّهم يتوكّلون ، عليك يا مولاي توكّلي وأنت حسبي وأملي ، يا الله إبراهيم وإسماعيل وإسحاق ويعقوب ربّ الأرباب ومالك الملكوت وجبّار الجبابرة وملك الدنيا والآخرة ، ربّ أرسل إليّ منك رحمة يا رحيم ألبسني منك عافية وازرع في قلبى من نورك واخبأني من عدوّك واحفظني في ليلي ونهاري بعينك ، يا أنس كلّ مستوحش وإله العالمين ، قل من يكلؤكم بالليل والنهار من الرحمان بل هم عن ذكر ربّهم معرضون ، حسبي الله كافيا ومعينا معافيا فإن تولّوا فقل حسبي الله لا إله إلّا هو عليه توكّلت وهو ربّ العرش العظيم».