الفاطميين الذين وقفوا عليه الوقوف وأحاطوه بالرعاية ، وكان في مقدمة الأساتذة المدرسين في الأزهر بنو النعمان قضاة مصر.

ولما قامت الدولة الأيوبية في مصر عام ٥٦٧ ه‍. على يدي مؤسسها السلطان صلاح الدين الأيوبي ، محا من مصر المذهب الفاطمي وأحل محله المذهب السني ، وغالى الأيوبيون في القضاء على كل أثر للشيعة وأفتوا بإبطال إقامة الجمعة في الأزهر .. ، فلبثت معطلة فيه نحو مائة عام ، فقضى الأزهر هذه المدة في ركود طويل ، وقد ظلت حلقات الدراسة فيه على الرغم من ذلك مستمرة دون أن تحظى هذه الحلقات في ذلك العصر بكثير من رعاية الدولة.

وفي عام ٦٦٥ ه‍ أعيد افتتاح الأزهر لصلاة الجمعة في عهد بيبرس الذي شجع العلم فيه هو ولأمراء والقواد ، ووقفوا عليه الأوقاف الطائلة ... واستمر الأزهر يؤدي واجبه الديني والعلمي في عهد المماليك وعهد الدولة العثمانية وعهد النهضة المصرية الحديثة.

وأول شيخ تولى مشيخة الأزهر كما يحدثنا التاريخ هو الشيخ الخرشي المالكي المتوفى عام ١١٠١ ه‍ وتولى بعده الكثير من مشايخ الأزهر حتى بلغوا حتى اليوم ٤١ شيخا آخرهم شيخ الأزهر الحالي الشيخ عبد الرحمن تاج.

وفي عهد محمد علي وأسرته انتقصت أوقاف الأزهر وحقوقه ، ولكنه ظل يؤدي واجبه العلمي والديني بنشاط كبير. ومن الأزهر كان طلبة البعوث الذين بعث بهم محمد علي إلى أوروبا وعادوا إلى مصر ينشرون العلم والمعرفة والنهضة في كل مكان ، وكانت جل المدارس التي أنشأها محمد علي تأخذ طلبتها من طلبة الأزهر الشريف ، ولما أنشئت دار العلوم عام ١٨٧١ م ومدرسة القضاء الشرعي عام ١٩٠٧ م استمدتا طلبتهما من الأزهر. وكان مدرسو الدين واللغة العربية في جميع مدارس الدولة