وبالجملة علمه رحمه‌الله ببعض العلوم السرية ممّا لا ينكر ، ولنذكر غريبتين صدرتا منه ممّا وصل إلينا بالطرق المعتبرة :

الأولى : قال العلامة النحرير الشيخ سليمان الماحوزي فيما ألحقه بكتاب البلغة في الرجال في ترجمة علماء البحرين ، في ترجمة العالم الجليل السيد ماجد البحريني قال : واجتمع بالشيخ العلامة البهائي في دار السلطنة أصفهان المحروسة ، فأعجب به شيخنا البهائي. إلى أن قال : وحدثني الشيخ العلامة أن السيد لمّا اجتمع بالشيخ البهائي كان في يد الشيخ سبحة من التربة الحسينية ـ سلام الله على مشرّفها ـ فتلا الشيخ على السبحة فقطر منه ماء على طريقة ما تستعمله أهل الشعابذة والعلوم الغريبة ، فسأل السيد رحمه‌الله أيجوز التوضّأ به؟ فقال السيد : لا يجوز ، وعلّله بأنّه ماء خيالي لا حقيقي ، وليس من المياه المتأصّلة المنزلة من السماء ، أو النابعة من الأرض ، فاستحسنه الشيخ رحمه‌الله.

الثانية : قال الفاضل المتبحر قطب الدين الاشكوري ـ وهو تلميذ المحقق الداماد ـ في محبوب القلوب ، في ترجمة كمال الدين بن يونس : حكى لي والدي رحمه‌الله ناقلا عن الشيخ الفاضل الشيخ عبد الصمد أخي الشيخ الجليل النبيل خاتمة المجتهدين في عصره بهاء الدين العاملي عامله الله بغفرانه الخفي والجلي ، إن أخي شيخنا البهائي ورد يوما في مجلس شاهنشاه الأعظم مروّج المذهب الحق الإمامي صاحب إيران شاه عباس الصفوي الحسيني أسكن الله لطيفته في الجنان ، فقال له الملك : أيّها الشيخ استمع ما يقول رسول ملك الروم ، والرسول أيضا جالس في المجلس.

فحكى الرسول أن في بلادنا جماعة من العلماء العارفين للعلوم الغريبة ، والأعمال العجيبة ، وقد عدّ بعض أعمالهم ثم قال : وليس من العارفين لهذه