وكان ابن كاسب إذا حدث عنه يقول : حدثني الثقة الرضي إسحاق بن جعفر عليهالسلام وكان يقول بامامة أخيه موسى بن جعفر ، وروى عن أبيه النص على إمامته.
وقال في العمدة : ويكنى أبا محمد ، ويلقب المؤتمن ، وولد بالعريض ، وكان من أشبه الناس برسول الله صلىاللهعليهوآله وامه ام أخيه موسى الكاظم عليهالسلام وكان محدثا جليلا ، وادعت طائفة من الشيعة فيه الامامة ، وكان سفيان بن عيينة إذا روى عنه يقول : حدثني الثقة الرضي إسحاق بن جعفر بن محمد بن علي ابن الحسين عليهمالسلام.
وكان محمد بن جعفر عليهالسلام سخيا شجاعا وكان يصوم يوما ، ويفطر يوما وكان يصرف في مطبخه كل يوم شاتا ، وكان يرى رأى الزيدية في الخروج بالسيف ، وخرج على المأمون في سنة ١٩٩ بمكة ، وتبعه الجارودية فوجه عليه المأمون جندا بقيادة عيسى الجلودي فكسره وقبض عليه ، وأتى به إلى المأمون فأكرمه المأمون ولم يقتله ، وأصحبه معه إلى خراسان وقبره في بسطام ، وهو الذي ذكرنا سابقا أن قبره في جرجان فان جرجان اسم لمجموع الناحية المعينة المشتملة على المدينة المدعوة بالاستراباد وغيرها مثل مصر والقاهرة والعراق والكوفة.
قال في مجلس المؤمنين في ضمن أحوال يايزيد البسطامي : إن السلطان اولجا يتوخان أمر ببناء قبة على تربته وقد ذهب إلى إمامته بعد أبيه قوم من الشيعة يقال لهم السمطية : لنسبتهم إلى رئيس لهم يقال له يحيى بن أبي السمط.
وكان علي بن جعفر كثير الفضل ، شديد الورع ، سديد الطريق ، راوية للحديث من أخيه موسى عليهالسلام وهو المعروف بعلي بن جعفر العريضي نشأ في تربية أخيه موسى بن جعفر عليهالسلام ومن أهل التضييف بأيدي الشيعة إلى هذا