( طبيعيات شرح الإشارات ) مرت حواشيها بعنوان الحاشية على شرح الإشارات.
( طبيعيات الشفاء ) مرت حواشيها بعنوان الحاشية على الشفاء.
( طرائف الحكمة ) الذي هو منتخب من نهج البلاغة للسيد الأمير محمد تقي بن الأمير مؤمن الحسيني القزويني المتوفى (١٢٧٠) يأتي في الطاء.
( ٨٠١ : الحاشية عليه ) لمؤلف أصله السيد مير محمد تقي المذكور. وله برهان العصمة المذكور في ( ج ٣ ـ ص ٩٨ ) وغيره فإنه لما فرغ من طرائف الحكمة في (١٢٣٥) وعلق عليه حواش كثيره شرع في شرحه مزجا بتدوين تلك الحواشي وضميمة زيادات معبرا عنه بالتعليقة ، أولها ( الحمد لله وهو أهل الحمد فهذه تعليقة اعتلقت بطرائف الحكمة التي حررت فيها العلوم الموروثة عن إمام العالمين وديان الدين أمير المؤمنين عليهالسلام وعناوينه طريفة فيذكر في كل طريفة مقدارا من نهج البلاغة ممزوجا بالشرح منها طريفة في الخطبة التي أولها ( الحمد لله الذي دل على وجوده بخلقه ) وهي قبل خطبة فيها خلق الخفاش ومنها طريفة في الخطبة الشقشقية ، ومنها طريفة في خطبة في أصول الفقه أثبت فيها أن واضع أصول الفقه هو الإمام أمير المؤمنين (ع) بما يستخرج من خطبه في نهج البلاغة ، وذكر أن الأخباريين اعترفوا بكون الأصول مأخوذة عن الأئمة (ع) فكتب المحدث الفيض الأصول الأصلية والشيخ الحر الفصول المهمة رأيت نسخه منها عند الشيخ أسد بن الشيخ محمد حيدر في النجف ، وهي بخط الحاج عيسى بن حسين علي آل كبة مؤلف تحفه الأحباب وتذكار الحزين وغيرهما مما مر ، فرغ من الكتابة في ( ٨ ـ ج ٢ ـ ١٢٤٠ ) وعليها تملك ولده الشيخ محمد بن عيسى في (١٢٦٩).
( كتاب الطهارة ) هي باب من أبواب الفقه استقل بالتدوين مرارا ، وقد ذكر بعضها بعنوان رسالة الطهارة في ( ص ٨٩ ) ومنها هذه وهي للشيخ الأنصاري مرتضى بن محمد أمين التستري المتوفى (١٢٨١) يأتي في الطاء.
( ٨٠٢ : الحاشية عليها ) لبعض المتأخرين ، لم يعرف مؤلفها ، وهي مجلد كبير عند السيد شهاب الدين بقم كما كتبه إلينا.
( ٨٠٣ : الحاشية عليها ) للشيخ الفقيه الحاج محمد حسن بن محمد صالح كبة البغدادي المتوفى بالنجف في عشية الخميس ( ٩ ـ رمضان ١٣٣٦ ) ، كتبها على هوامش نسخه الطهارة ، ثم دون منها مقدار خمسة كراريس ، ولم يدون الباقي.