الشيخ محمّد جعفر ابن الشيخ محمّد طاهر سنة (١٣٠٨ هـ) بطلب من آل الحاج جابر الكعبي ووجوه وعلماء البلد وكانت الحكومة والرياسة آنذاك للشيخ مزعل الحاج جابر ، فرحّب به وأنزله منزلة لائقة به.

ومن هنا تصدّى للزعامة والمرجعيّة الدينيّة ، وأسّس مدرسة علميّة في مهجره واشتغل بالتدريس وتربية النفوس ، وتتلمذ عليه نفر من الأعلام كآية الله الشيخ عبد المحسن الخاقاني السابق الذكر ، وصهره على ابنته آية الله السيّد علوي القاروني (١٣٤٣ هـ) ، ونجله آية الله الشيخ عبد الحميد (١٣٦٦ هـ) ، ونجله الآخر آية الله الشيخ علي (١٣٣٩ هـ) ، وجماعات من طلبة العلوم الدينيّة.

رحلته إلى البحرين :

قال الشيخ إبراهيم المبارك في كتابه ماضي البحرين وحاضرها : ورد البحرين الشيخ عيسى ابن الشيخ شبير الخاقاني من المحمّرة وأقام في البحرين مدّة وصلّى الجمعة ، وأوّل جمعة صلاّها في مسجد الخواجة في المنامة. انتهى

مؤلّفاته :

١ ـ رسالة عمليّة.

٢ ـ الفرائد النفيسة في وجوب صلاة الجمعة.

٣ ـ مناسك الحجّ (وقد بقي سنة كاملة في الديار الحجازيّة يتنقّل بين المدينة المنوّرة ومكّة المكرّمة ثمّ ألّف رسالة في الحجّ بعد التثبّت من