بعض الروايات الدالّة على تحريف القرآن ولم تتطرّق إلى بعض الآليّات والمناهج التفسيرية المعهودة في تفاسير أهل السنّة مثل اختلاف القراءات المشهورة ، والاستشهاد بالشعر الجاهلي ، والأمثال البلاغية ، والقواعدالنحوية ، وتشريح جذور الكلمات وأمثالها.

يعدّ أواسط القرن الخامس الهجري منعطفاً مهمّاً في منهجية التفسير عندالشيعة الإمامية ، فإنّ التبيان في تفسير القرآن لشيخ الطائفة محمّد بن الحسن الطوسي المعروف بالشيخ الطوسي (٣٨٥ ـ ٤٦٠هـ) هو أوّل تفسير شيعيٍّ كامل للقرآن اتّخذ طريقة مغايرة لطريقة السلف ، فإنّ منهجيّته في هذا التفسير تختلف كلّياً عن منهجية جميع من سبقه في التفسير ؛ حيث يعدّ تفسيراًكاملا للقرآن من أوّله إلى آخره ، وقد قلّص فيه المصنّف من الروايات الشيعية مستفيداً من المناهج المعهودة في تفاسير أهل السنّة ، فقد استطاع الشيخ الطوسي أن ينقل عدداً كبيراً من روايات وأقوال الصحابة والتابعين في التفسير مستفيداً بذلك من كتاب تفسير الطبري ، وأبدى اهتماماًكبيراً في نقل المواضيع اللغوية ، والصرفية ، والنحوية ، واختلاف القراءات ، والاستشهاد بالشعر العربي الجاهلي ، وقد تطرّق إلى مباحث كلامية وبالأخصّ الأقوال التفسيرية لمتكلّمي السنّة مثل أبي علي الجبّائي وأبي مسلم محمّد بن بحر الأصفهاني وأبي القاسم البلخي والرمّاني و ... وقدمال إلى الكثير من آرائهم.

وقد قام الشيخ الطبرسي رحمه‌الله (ت ٥٤٨ هـ) بمراجعته وتنظيمه من جديد وذلك بعد قرن من تصنيفه تحت عنوان مجمع البيان لعلوم القرآن ، ممّا أدّى