وقد خلّف الشيخ اليعقوبي خلال حياته مجموعة من آثاره ومؤلّفاته التي تشهد بتتبّعه العلمي والأدبي ، وتعمّقه في البحث والتحقيق والتنقيب ، وقدأصدر في حياته العديد من دواوين الشعراء بعد أن بذل جهوداً مضنية في تحقيقها وتنسيقها والتعليق عليها وسرد الحوادث التأريخية فيها ومنها ـ على سبيل الحصر لا التفصيل ـ المقصورة العليّة في السيرة العلوية ، عنوان المصائب في مقتل الإمام علي (ع) ، الذخائر ، البابليات ، الجعفريات ، ديوان شعره ، ديوان جهاد المغرب العربي ، ديوان الشيخ عبد الحسين شكر ، ديوان الشيخ عباس الملا علي ، ديوان الشيخ يعقوب الحاج جعفر (والد المؤلف) ديوان الشيخ محمّد حسن أبي المحاسن الكربلائي ، ديوان الشيخ صالح الكوّاز ، ديوان الحاج حسن القيّم ، ونقد كتاب شعراء الحلة وقد أصدرنا عام ٢٠٠٣م كتابه نقد كتاب شعراء الغري بعد تحقيقه والتقديم له.

أمّا آثاره المخطوطة فهي جامع براثا ، مؤخذات وتعليقات على كلّ من : معجم البلدان للحموي ، وفيات الأعيان لابن خلكان ، أعيان الشيعة للسيد محسن الأمين العاملي ، عبقرية الشريف الرضي للدكتور زكي مبارك ، ديوان مهيار الديلمي ، ديوان سبط بن التعاويذي ، ديوان الصاحب بن عباد ، ديوان دعبل الخزاعي ، ديوان السيّد محمّد سعيد الحبوبي ، ديوان الشيخ كاظم الأزري ، ديوان الشيخ صالح التميمي ، ديوان شعره ـ الجزء الثاني ـ مع الشريف الرضي في ديوانه ، وغيرها ممّا لا مجال لحصرها الآن