في علوم المعقول :
٥٩ ـ كتاب القواعد والمقاصد ، في المنطق والطبيعي والإلهي.
٦٠ ـ كتاب الأسرار الخفية في العلوم العقلية : من الحكمة والكلام والمنطق ، مجلّد ، يَرُدّ به على الفلاسفة ، ألّفه باسم هارون بن شمس الدين الجويني.
٦١ ـ كتاب كاشف الأستار في شرح كشف الأسرار.
٦٢ ـ كتاب الدرّ المكنون في علم القانون ، في المنطق.
٦٣ ـ كتاب المباحث السنية والمعارضات النصيرية.
٦٤ ـ كتاب المقاومات.
قال رحمهالله في الخلاصة : باحثنا فيه الحكماء السابقين ، وهو يتمّ مع تمام عمرنا.
٦٥ ـ كتاب حلّ المشكلات من كتاب التلويحات.
٦٦ ـ كتاب إيضاح التلبيس من كلام الرئيس.
قال عنه العلاّمة في الخلاصة : باحثنا فيه الشيخ ابن سينا.
وفي إجازة مهنّا بن سنان سمّاه : كشف التلبيس وبيان سهو الرئيس.
٦٧ ـ كتاب مراصد التدقيق ومقاصد التحقيق ، في المنطق والطبيعي والإلهي.
٦٨ ـ كتاب المحاكمات بين شرّاح الإشارات.
٦٩ ـ كتاب كشف الخفاء من كتاب الشفاء.
٧٠ ـ كتاب القواعد الجلية في شرح الرسالة الشمسية ، في المنطق.
٧١ ـ كتاب الجوهر النضيد في شرح منطق التجريد.
٧٢ ـ كتاب نهج العرفان في علم الميزان ، في المنطق.