العامة ، فانعزل عن المجتمع ، وأصبح جليس داره ، وشرع بتربية الخاصة من أصحابه ، وبعد مضي خمس وعشرين سنة ، وهي الفترة التي حكم فيها الخلفاء الثلاثة بعد الرسول صلى‌الله‌عليه‌وآله‌وسلم ، وبعد مقتل الخليفة الثالث ، اتجهت الأمة الإسلامية إلى علي عليه‌السلام وبايعته بالخلافة.

كان علي عليه‌السلام طوال حكومته ، والتي لم تدم أكثر من أربع سنوات وتسعة أشهر يسير على نهج الرسول صلى‌الله‌عليه‌وآله‌وسلم واتصفت خلافته بلون من الثوريّة إذ قام بإصلاحات أدّت بالإضرار إلى بعض المنتفعين ، فنجد أعلام المعارضة ترتفع ، وسيوف المعارضين تشهر ، يتقدمهم طلحة والزبير ومعاوية وعائشة فجعلوا مقتل عثمان ذريعة لنواياهم السيئة ، وقاموا بالأعمال المضللة.

والإمام علي عليه‌السلام استعدّ للحرب للقضاء على هذه الفتنة ، وقد جهزت أم المؤمنين جيشا وكان طلحة والزبير خير من يعينها وينهض معها بالأمر. فوقع القتال بين الطرفين على مقربة من البصرة ، واشتهرت الواقعة بحرب الجمل.

وقام الإمام أيضا بحرب مع معاوية في الحدود العراقية الشامية ، عرفت بحرب صفّين ، واستغرقت سنة ونصف السنة ، وشغل بحرب مع الخوارج في النهروان ، اشتهرت بحرب النهروان.

ويمكن القول بأن معظم تلك الفترة التي حكم فيها الإمام علي عليه‌السلام قد صرفت لرفع الاختلافات الداخلية ، وبعدها أصيب بضربة على يد أحد الخوارج في مسجد الكوفة ، وذلك صبيحة