وكتب بخطّ يده مائة كتاب ، وشرح جلّ كتب الشهيد الأوّل واكبرها" شرح اللمعة الدمشقية" لم يسلم من كيد الحاسدين وبغي المارقين فوشوا به إلى الحكام فطلبوه طلبا حثيثا فاستتر زمنا عن العيون في ظلال جنائن جبع يدوّن ويصنّف ، ولمّا جدّ به الطلب فرّ إلى الحجاز حيث قبض عليه رجال السلطة الذين لحقوا به إلى مكة المكرّمة بين الركن والمقام جاءوا به إلى القسطنطينيّة حتى إذا إقتربوا من قونيه قتلوه وحملوا رأسه إلى السلطان فانكر فعلتهم وعاقبهم بالقتل بسعي مفتي القسطنطينيّة الشريف عبد الرحيم العباسي صاحب كتاب" معاهد التنصيص" صديقا مخلصا للشهيد ، أطلق عليه إسم الشهيد الثاني. هذه المدرسة مدفونة تحت المساكن شمال شرق المدرسة ، والمكتشفات تعود إليها ؛ أبو الغمر عبد الملك البعلبكّي (ت ١١٦٠) : شاعر وأديب ، دخل مصر ، جال في الشام ومدح ملوكها ، توفّي في رأس العين ؛ الحسن بن جعفر بن حمزة الأنصاري (ت ١١٨٧) : هو بن جعفر بن حمزة أبو أحمد الأنصاري البعلبكي المعروف بابن بريك ، قيل إنه من ولد النعمان بن بشير ، زار دمشق غير مرّة وتصرّف في وقف الجامع وعاد إلى بعلبك ؛ ومن علماء القرن السادس هجري / الثالث عشر ميلادي من أبناء بعلبك : إسحق بن ابراهيم البعلبكي ؛ التقي الأعمى : مدرّس المدرسة الأمينيّة في بعلبك ؛ سلطان بن محمود البعلبكّي : صاحب الزاوية المعروفة الآن ب" الشيخ محمود" في حيّ آل الرفاعي ؛ عبد الخالق بن علوان البعلبكي ؛ عبد الرحمن بن يوسف البعلبكّي ؛ عبد الله بن محمّد الأوزاعي : وهو غير الأمام عبد الرحمن ؛ عبد المنعم بن محمّد البعلبكّي الدير ناعسي : نسبة إلى دير ناعس وهي قرية مندثرة قرب قبّ الياس ؛ محمّد بن داود البعلي ؛ محمّد بن مكتوم البعلي ؛ محمّد بن الفخر البعلبكي ؛ مريم بنت أحمد البعلبكيّة ؛ ومن علماء القرن السابع هجري / الرابع عشر ميلادي من أبناء بعلبك : الشيخ بهاء الدين محمود بن محمّد : عاش في