البويهيين ان يستغله للاستيلاء على السلطة من السلاجقة. وقد حصل في مسعاه لتحقيق هذا الهدف على اسناد قبائل العراق العربية المحاربة والخليفة الفاطمي المستنصر كما انه استطاع ان يجذب ابراهيم ينال اخا طغرل بك إلى جانبه ايضاً. وقد اضطر طغرل بك إلى التعجيل بمغادرة بغداد فدخلها البساسيري الذي اعلن التشيع مذهباً رسمياً وامر بان يذكر في الخطبة اسم الخليفة الفاطمي بدلاً من الخليفة العباسي القائم الذي ابعد عن عاصمته إلى بلدة عانة الواقع على الفرات. ولكن انتصار البساسيري لم يدم طويلاً ذلك ان طغرل بك تمكن بالقوات الجديدة التي وصلت من خرسان من التغلب اولاً على اخيه المتمرد ينال الذي سقط في المعركة ثم الهجوم على البساسيري الذي قتل في ساحة المعركة ايضاً بالقرب من الكوفة. واعلن شيوخ القبائل العربية الذين تحالفوا مع البساسيري في السابق خضوعهم لطغرل بك الذي رسخت اقدامه بهذا الشكل في العراق. وعمد طغرل بك من اجل ان يحكم الاحتفاظ بالسلطة في الخلافة إلى مصاهرة الخليفة حيث زوجه اخته كما خطب لنفسه ابنة الخليفة لكن هذا العريس الطاعن في السن لم يلبث ان توفي عام ١٠٦٣ م قبل ان يتم زفافه بقليل.

خلف طغرل بك آلب آرسلان وهو ابن اخيه جعفر وقد سد في فترة حكمه التي استمرت تسع سنوات (١٠٦٣ ـ ١٠٧٢ م) الهدوء والنظام اللذان استمرا ايضاً في عهد ملك شاه بن الب ارسلان إلى ان توفي ملك شاه هذا عام ١٠٩٢ م. وقد استطاع العراق خلال فترة الثلاثين سنة هذه ان يرتاح بعض الشيء من فترة الاضطرابات السابقة بفضل جهود نظام الملك الحسن بن علي الوزير الحكيم والمجرب لخليفتي طغرل بك المذكورين كليهما. لقد كان نشاط هذا الوزير السلجوقي يستهدف زيادة رفاه المنطقة