ونسخة أخرى منه بعينه في مجموعة كانت في ( مكتبة المولى محمد علي الخوانساري ) في النجف الأشرف من دون نسبتها إلى الشيخ ، وتاريخ كتابتها ٩٨٢ ه أيضا ، ومعها في المجموعة ( النكت الاعتقادية ) للشيخ المفيد ، و ( مختصر التحفة الكلامية ) ، ونسخة ثالثة عليها خط شيخ الطائفة في ( مكتبة السيد محمد المشكاة ) في طهران كتب على ظهرها ما لفظه :
( مقدمة الكلام. تصنيف الشيخ الامام الورع قصوة العارفين ، وحجة الله على العالمين ، لسان الحكماء والمتكلمين ، أبي جعفر محمد بن الحسن بن علي الطوسي متعنا الله بطول بقائه ونفعنا بعلومه ). وكتب على الصفحة الثانية منه ما لفظه : ( قرأ علي هذا الكتاب وبحث على معانيه صاحبه في عدة مجالس آخرها السادس والعشرين من المحرم لسنة خمس وأربعين وأربعمائة بحدود دار السلام ، وكتبه محمد بن الحسن ابن علي ولله الحمد والمنة صلى الله على محمد وآله الطيبين ). وآخرها ما نصه : ( مفيض الحياة وبارئ النسمة وهو المستحق له دائما سرمدا وحسبي الله ونعم الوكيل رب أتمم بالخير. وقع الفراغ من استنساخه بتوفيق الله وبحسن معونته سادس عشرين ـ كذا ـ من رجب سنة أربع وأربعين وأربعمائة في مدينة السلام على يد العبد الضعيف نظام الدين محمود بن علي الخوارزمي حامدا لله تعالى مصليا على نبيه. )
٤٤ ـ مناسك الحج في مجرد العمل : ذكره في ( الفهرست ) أيضا.
٤٥ ـ النقض على ابن شاذان في مسألة الغار : ذكره كذلك في ( الفهرست ) وذكره العلامة السيد مهدي بحر العلوم في ( الفوائد الرجالية ) : وقال انه نقض في مسألة الغار ومسألة العمل بالخبر الواحد ، فظاهر كلامه انه رآه.
٤٦ ـ النهاية في مجرد الفقه والفتاوى : من أعظم آثاره وأجل كتب الفقه ، ومتون الأخبار ، أحصي في فهرسه المخطوط عند العلامة الشيخ هادي آل كاشف الغطاء ، في ٢٢ كتابا و ٢١٤ بابا ، وقد كان هذا الكتاب بين الفقهاء من لدن عصر مصنفه إلى زمان المحقق الحلي كالشرائع بعد مؤلفها ، فكان