حيدر آباد بالهند رقم ٢٠١ ذكرت في فهرسها للمخطوطات العربية ٢ / ١٤٩ ـ ١٥٠.
١١ ـ مخطوطة في مكتبة السيد مهدي اللاجوردي في قم.
١٢ ـ مخطوطة فرغ منها الكاتب في ربيع الأول سنة ٩٨٤ في مكتبة الإمام الرضا عليهالسلام في مشهد رقم ٢٨ ذكرت في فهرسها ١ / ٤٥.
١٣ ـ مخطوط كتبه شاه محمود الترشيزي في كربلاء سنة ١٠٠٥.
١٤ ـ نسخة في مكتبة آستانة قم ، رقم ٤ : ٥٨ ـ ٦٠٤٥ ، ذكرت في فهرسها ٢٠٩.
١٥ ـ نسخة فرغ منها الكاتب في ٢٢ ربيع الثاني سنة ١٠٦٠ عن نسخة حفيد المؤلف يحيى بن محمد بن الحسن بن المطهر فرغ منها عاشر شهر رمضان سنة ٧٥٧ عن نسخة بخط ابيه فخر الدين محمد ابن المؤلف فرغ منها ١٧ ربيع الأول سنة ٧٥٤ بالحضرة الشريفة الغروية عن نسخة ابيه المصنف رأيتها في مدرسة نمازي في خوي ، رقم ١٠٢.
١٦ ـ نسخة سنة ١٠٩٢ رأيتها في مكتبة العلامة الطباطبائي في كلية الطب في شيرازم رقم ٩٤١.
شروحه :
١ ـ تعليقة على الألفين ، للعلامة الشيخ محمد حسين ابن الشيخ محمد بن عبد الله المظفر النجفي ١٣١٢ ـ ١٣٨١.