بعض الطلبة مع شرحه على زبدة الأصول ، ومجلد الصلاة أيضا موجود في المكتبة المذكورة كلاهما بخط المؤلف ، والشيخ مهدي توفي بعد الرجوع عن الحج في بلاد نجد ، وحمل إلى النجف الأشرف بكرامة ذكر تفصيلها شيخنا العلامة النوري في دار السلام فراجعها.
( ١٦٩٩ : شرح لواقح الصحيفة ) ولواحقها ، للمير الداماد ، وجد بخط بعض أسباطه ، رآه بعض الأفاضل.
( ١٧٠٠ : شرح اللوامع الإلهية ) للفاضل المقداد ، تأليف السيد كاظم بن السيد قاسم الرشتي الحسيني الحائري المتوفى بها سنة ١٢٥٩ ، ذكر في فهرس كتبه أنه كتبه بالتماس المولى مشهد الشبستري.
( ١٧٠١ : شرح ما أشكل من مصادرات أقليدس ) للحكيم أبي الفتح عمر بن إبراهيم الخيامي المتوفى سنة ٥١٥ ، طبع بطهران في سنة ١٤١٤ شمسية ، مع مقدمه عربية وفارسية بقلم الدكتور تقي آراني مع ذكر تصانيفه ، وأصل النسخة المكتوبة عن خط الخيامي في ج ١ ص ٤٧٠ ، كان في مكتبات ليدن ( هولندا ) وهو بخط مسعود بن محمد بن علي الحلفري ، فرغ من الكتابة اليوم الخامس من شعبان سنة ٦١٥.
( ١٧٠٢ : شرح ما ذكر من مسائل علم الأصول ) في خاتمة مقدمات كشف الغطاء ، للشيخ أحمد الأحسائي ، ألفه في حياة المؤلف ، ويدعو له كثيرا بقوله : « أدام الله بقائه » مع الإطراء ، والنسخة ضمن مجموعة من كتب السيد خليفة في النجف الأشرف ، تزيد على ألفي بيت.
( ١٧٠٣ : شرح ما لا يسع جهله ) للشيخ نظام الدين الصهرشتي تلميذ الشيخ الطوسي ، وهو أبو الحسن أو أبو عبد الله سليمان بن الحسن أو الحسين بالسين أو بالصاد ابن سليمان ، أو ابن عبد الله أو ابن محمد بن عبد الله ، أو ابن محمد بن سليمان الصهرشتي المعروف بنظام الدين الصهرشتي بالاتفاق ، ذكره ابن