القسم الأوّل : ممتلكاته رحمه‌الله ، وعدد مجلّداتها ٦٨ وعدد نسخها ١٠٨.

القسم الثاني : مستنسخاته رحمه‌الله ، وعدد مجلّداتها ٢٤ وعدد نسخها ١٧٣.

القسم الثالث : مؤلّفاته ومجاميعه رحمه‌الله ، وعدد مجلّداتها ٣٥ وعدد نسخا ٤٤.

٢ ـ الفهرس الثاني : وهو فهرس لشروحه وتحقيقاته وتعليقاته ومستنسخاته وتصحيحاته رحمه‌الله المخطوطة على الكتب المطبوعة ، الموجودة حاليّاً في مكتبة العلمين ، وهو مرتّب بحسب التسلسل الألفبائي ، ومقسّم إلى خسمة أقسام ، وهي كالتالي :

القسم الأوّل : شروحه رحمه‌الله وعددها١.

القسم الثاني : تحقيقاته رحمه‌الله وعددها٢.

القسم الثالث : أ) تعليقاته رحمه‌الله وعددها١٦.

ب) تعليقات لغيره كتبها بخطّه رحمه‌الله وعددها٣.

القسم الرابع : مستنسخاته رحمه‌الله وعددها١.

القسم الخامس : تصحيحاته رحمه‌الله وعددها٩.

٣ ـ الفهرس الثالث : وهو فهرس الكتب الخطّية التي استنسخها رحمه‌الله

والموجودة في أماكن متفرّقة ، وهو مرتّب بحسب أمكنتها ومقسّم إلى أربعة أقسام وهي كالتالي :

القسم الأوّل : مستنسخاته الموجودة في مكتبة الإمام الحكيم رحمه‌الله في النجف الأشرف ، وعدد مجلّداتها ٢ وعدد نسخها ٣.

القسم الثاني : مستنسخاته الموجودة في مكتبة الإمام أمير المؤمنين عليه‌السلام في النجف الأشرف ، وعدد مجلّداتها ١ وعدد نسخها ١.

القسم الثالث : مستنسخاته الموجودة في مكتبة مدرسة دار العلم في النجف الأشرف ، وعدد مجلّداتها ١ وعدد نسخها ١.

القسم الرابع : مجموعة أوراق خطّية بخطّه رحمه‌الله موجودة عند سماحة المحقّق العلاّمة السيّد محمّد رضا الجلالي (حفظه الله).

الفهرس الرابع : وهو فهرس النسخ الخطّية التي ذكر الشيخ الطهراني في الذريعة إلى تصانيف الشيعة أنّها عند السيّد محمّد صادق بحر العلوم رحمه‌الله ، وهي