وعند ما ظهر حقائق التفسير ، أحدث ضجة كبرى ، فقد لقى معارضات شديدة من معاصريه وممن أتوا بعده ، فانّهم بالابتداع والتحريف والقرمطة والتشيع ووضع الأحاديث على الصوفية يقول ابن الصلاح : (وجدت عن الإمام الواحدي أنه قد صنّف أبو عبد الرحمن السلمى حقائق التفسير ، فإن كان قد اعتقد أن ذلك تفسير فقد كفر)

وقال الذهبي فى «تذكرته» : أتى السّلمى فى «حقائقه» بمصائب وتأويلات للباطنية نسأل الله العافية تذكرة الحفاظ ج ٣ ص ٢٤٩.

ووصفه ابن تيمية بالكذب : (منهاج السنة ج ٤ ص ١٥٥).

وعدّ السيوطي تفسيره ضمن التفاسير المبتدعة معللا لذلك بقوله : «.... وإنما أوردته فى هذا القسم لأنه غير محمود (طبقات المفسرين للسيوطى ط ليدن سنة ١٨٣٩ ص ٣١).

أما إخوان الصفا الذين يحشرهم جولد تسيهر ضمن مفسرى الصوفية فى كتابه (مذاهب التفسير الإسلامى) ، فهم أولا غير صوفية وإنما هم جماعة من المشتغلين بالفلسفة ذوى أغراض بعيدة خبيثة ، ضمت صفوفهم لفيفا من الناس مختلفى النزعات والثقافات حتى كان من بينهم ملاحدة ، فإحالتهم على الصوفية تجن على الحقيقة وعلى التاريخ وعلى التصوف ، ولسنا نبرىء جولد تسيهر من ذلك ـ مع تقديرنا لكتابه القيّم.

وحتى القرن الخامس الهجري لا نجد كما يقول صاحب (تاريخ أدبيات در ايران) : «أهمّ من حقائق السلمى ولطائف الإشارات للقشيرى وتفسير سورة الإخلاص للغزالى» [تاريخ أدبيات در ايران للدكتور ذبيح الله صفا (مكتوب بالفارسية) فصل التفسير صفحة ٢٥٦ ، ٢٥٧].

وبعد ذلك بنحو قرن نلتقى بتفسير ابن عربى الذي هو قبل كل شىء مطعون فى نسبته إليه ، وفى ذلك يقول الشيخ محمد عبده (اشتبه على الناس فيه كلام الباطنية بكلام الصوفية ، وينسبونه للشيخ الأكبر محيى الدين بن عربى ، وإنما هو للقاشانى الباطني الشهير) ويضيف الأستاذ الإمام (وفيه من النزعات ما يتبرأ منه دين الله وكتابه العزيز) تفسير المنار ج ١ ص ١٨).