(ز) العلوم العقلية من المنطق والفلسفة والطبيعيات والعرفان :
١ ـ آداب البحث
، في علمي المناظرة والجدل ، مخطوط.
٢ ـ الاسرار
الحنفية في العلوم العقلية.
٣ ـ الاشارات
الى معاني الاشارات ، مفقود.
٤ ـ ايضاح
التلبيس من كلام الرئيس ، مفقود.
٥ ـ ايضاح
المعضلات من شرح الاشارات ، مفقود.
٦ ـ ايضاح
المقاصد من حكمة عين القواعد ، مخطوط.
٧ ـ بسط
الاشارات الى معاني الاشارات ، مفقود.
٨ ـ تحرير
الابحات في معرفة العلوم الثلاث ، مفقود.
٩ ـ تحصيل
الملخص ، مفقود.
١٠ ـ التعليم
التنام في الحكمة والكلام ، مفقود.
١١ ـ الجوهر
النضيد في شرح كتاب التجريد ، مطبوع.
١٢ ـ حل
المشكلات من كتاب التلويحات ، مفقود.
١٣ ـ الدر
المكنون في شرح علم القانون ، مفقود.
١٤ ـ القواعد
الجلية في شرح الرسالة الشمسية ، مطبوع.
١٥ ـ القواعد والمقاصد.
١٦ ـ كاشف
الاستار في شرح كشف الاسرار.
١٧ ـ المحاكمات
بين شراح الاشارات ، في ٣ أجزاء ، مفقود.
١٨ ـ مراصد
التوفيق ومقاصد التحقيق ، مخطوط.
١٩ ـ النور
المشرق في علم المنطق ، مفقود.
٢٠ ـ نهج
العرفان في علم الميزان ، مفقود.