وبما أنّ العلوم الجديدة الباحثة عن الطبيعة وأحكامها قد قطعت أشواطا كبيرة ، وأبطلت كثيرا من الفروض العلمية في الفلكيات والأكوان ، فأصبح ما يبحث في الكتب الكلامية والفلسفية في هذا القسم تاريخا للعلم الطبيعي لا نفسه ، ولأجل ذلك تركت دراسة المحور الثاني في الكتب الكلامية والفلسفية في أعصارنا.
فلم يبق إلّا المحور الثالث الموسوم بالإلهيات بالمعنى الأخص الذي يبحث فيه عن ذاته سبحانه وصفاته وأفعاله ، ولأجل ذلك عكف المحصلون على دراسة هذا المحور الذي يتضمن البحث عن إثبات الصانع وصفاته وأفعاله ، ويدخل في البحث عن صفاته : البحث عن عدله ، كما يدخل في البحث عن أفعاله : البحث عن النبوة والإمامة والمعاد.
وقد طبع الكتاب غير مرّة أحسنها طبعة مؤسسة النشر الإسلامي التابعة لجماعة المدرسين في قم المقدسة ، ولنا تعليقات على قسم الإلهيات أفرزناها من سائر المباحث ، وطبع على حدة ، وصار مادة دراسية في مؤسسة الإمام الصادق عليهالسلام للبحوث والدراسات العليا.
١٠. معارج الفهم في شرح النظم
وهي رسالة معدة لبيان أصول الدين وقد صرح به في كتابه «خلاصة الأقوال» وفي أجوبة المسائل المهنائية ونسخته الخطية متوفرة في المكتبة الرضوية ومكتبة السيد المرعشي وغيرهما.
١١. مقصد الواصلين في أصول الدين
واسمه حاك عن معناه ، ولكن لم نقف على نسخة منه ، وجاء اسمه في «خلاصة الأقوال» وأجوبة المسائل المهنائية وعبّر عنه في إجازات البحار بمعتقد الواصلين.