وولد له عبيد الله ، وأبو بكر ، قال هشام بن الكلبي : وقد قتلا بكربلاء أيضا ، ويحيى ، ومحمد الأصغر ، وعمر ، ورقية ، ومحمد الأوسط.
أما ابنه محمد الأكبر فهو المشهور بابن الحنفية ، وقد كان من سادات المسلمين ، وكان شجاعا أيدا ، فصيحا عالما بالكتاب والسنة ، وكان يفضل أبا بكر وعمر ويثني على عثمان رضياللهعنه ، مات بالطائف سنة إحدى وثمانين ، وهو يومئذ ابن خمس وستين سنة.
قال ابن جرير : جميع ولد علي أربعة عشر ذكرا ، وسبع عشرة أنثى ، وقال الواقدي : وإنما كان النسل من خمسة ، وهم : الحسن والحسين ، ومحمد بن الحنفية والعباس ، وعمر.
ومنهم الفاضل المعاصر الشريف علي فكري ابن الدكتور محمد عبد الله الحسيني القاهري المولود بها سنة ١٢٩٦ والمتوفى بها أيضا سنة ١٣٧٢ في كتابه «أحسن القصص» (ج ٣ ص ١٩٢ ط دار الكتب العلمية في بيروت) قال :
قد اختلف الناس في عدد أولاده ، فمنهم من أكثر ، ومنهم من أقل ، ففي كتاب الأنوار لأبي القاسم إسماعيل : إن أولاده ٣٢ اثنان وثلاثون ، ستة عشر ذكرا ، وست عشرة أنثى.
وفي بغية الطالب : أولاده رضياللهعنه ٣٣ ثلاثة وثلاثون ، خمسة عشر ذكرا ، وثماني عشرة أنثى بالاتفاق.
أما الذكور فهم : الحسن ، والحسين ، ومحسن (وأمهم فاطمة الزهراء البتول بنت الرسول صلىاللهعليهوسلم) ومحمد الأكبر (أمه خولة بنت جعفر بن قيس الحنفية) ـ فذكر مثل ما تقدم عن «المنتظم» ، وفيه : عوف مكان : عون.
ومنهم الفاضل المعاصر الدكتور محمد أسعد أطلس في «تاريخ العرب» (ج ٣ ص ٢٧٦ ط دار الأندلس ـ بيروت) قال :