وقيل : إنه كان مسموما ، والرواية المعروفة هي أنه أكل عنبا مسموما.
ويذكر ابن بابويه عدة أسباب جعلت المأمون يسم الإمام الرضا ، ويبين الظروف التي نصب فيها الرضا ابنه محمدا للإمامة بعده.
فمات الرضا ودفن بعيدا عن المدينة ، بلد آبائه من أهل البيت ، فدفن في سناباذ على ميل من القرية التي مات فيها ، ودفن في القبر الذي دفن فيه أشهر خلفاء بني العباس ، ففي البستان نفسه دفن المأمون أباه هارون الرشيد قبل تسع سنوات ، فوقف هذه المرة في سفره الذي تأجل طويلا إلى بغداد ، بنفس المكان ، وصلى على الإمام الذي أراد أن يجعله خليفة.
وقال في ص ١٧٨ :
كان لدفن الإمام علي الرضا في مكان ناء مثل طوس ، نصيبه الكبير من الاهتمام في الأحاديث الشيعية. فيقال : إن الرسول نفسه قال : ستدفن بضعة مني بأرض خراسان لا يزورها مؤمن إلا أوجب الله له الجنة وحرم جسده على النار ، وما زارها مكروب إلا نفس الله كربته.
ويروى عن علي أمير المؤمنين أنه كان عالما حق العلم بما سيكون ، حتى أنه قال مرة: سيسم أحد أولادي ظلما بأرض خراسان ، اسمه كاسمي واسم أبيه موسى. وللتعويض عما سيناله هذا الولد المعين من أولاده من الأذى أردف مؤكدا : من زار قبره غفر الله له ما تقدم من ذنبه وما تأخر ولو كانت بعدد النجوم والقطر وأوراق الشجر.
ويقال إن موسى أبا علي الرضا قال : سيقتل ولدي علي مسموما ظلما وعدوانا ويدفن بجانب قبر هارون الرشيد. ثم قال : ومن زار ولدي عليا كان له عند الله كسبعين ألف حجة ومن زاره وبات عنده كان كمن زار الله في عرشه. فقال له أحدهم : كمن زار الله في عرشه؟! قال : نعم. إذا كان يوم القيامة كان على عرش الله أربعة من الأولين