بصورة عامة أن التصانيف المنسوبة إليه إنما هي مزيفة في الأزمنة المتأخرة. رغم قول ابن خلكان أن له كلاما في صنعة الكيمياء والزجر والفأل. كان تلميذه أبو موسى جابر ابن حيان الصوفي الطرسوسي قد ألف كتابا يشتمل على ألف ورقة تتضمن رسائل جعفر الصادق وهي خمسمائة رسالة.
إلى أن قال في ص ١٤٨ :
ومات الإمام جعفر في السنة العاشرة من حكم جعفر المنصور سنة ١٤٨ ه (٧٦٥ م). واتفقت الأقوال على تاريخ موته. وكان نقش خاتمه «الله وليي وعصمتي». وقد عاش أربعا وستين أو خمسا وستين سنة. ومع ذلك يقال إن الخليفة أمر فأعطي عنبا مسموما فمات. فصار بذلك شهيدا ومات الميتة الخاصة بالأئمة ، فإنه يقال بأن جميع الأئمة فيما عدا علي والحسين والمهدي ماتوا مسمومين ، وذلك حسب الأحاديث الواردة في أن الإمام لا يموت ميتة طبيعية ، لا كما تقتضيه سنة الاحتمال.
ودفن الإمام جعفر في مقبرة البقيع بالمدينة إلى جانب أبيه وجده ، وعلى قبورهم منذ قرون رخامة عليها مكتوب :
بسم الله الرحمن الرحيم الحمد لله مبيد الأمم ومحيي الرمم. هذا قبر فاطمة بنت رسول الله صلىاللهعليهوسلم سيدة نساء العالمين وقبر الحسن بن علي بن أبي طالب وعلي بن الحسين بن علي بن أبي طالب ومحمد بن علي وجعفر بن محمد ، رضياللهعنهم. انتهى كلام الدكتور دوايت. رونلدسن.
قلنا : وقبر أم الأئمة فاطمة بنت النبي صلى الله عليه وعليها ليس هناك. وهي عليهاالسلام مجهول القبر عند العامة فليظهره ولده الذي يظهر الإسلام ويملأ الأرض عدلا وقسطا.