منهم والصواب عندنا .. وليعذبن الله كل رعية في الإسلام دانت بولاية إمام جائر ليس من الله ، وإن كانت الرعية في أعمالها برة تقية وليعفون الله عن كل رعية في الإسلام دانت بولاية إمام عادل من الله وإن كانت الرعية في أنفسها ظالمة مسيئة.

وفي عصر الباقر تقدمت الحياة الفكرية بالمسلمين ونشط علماء الكلام وكثر الجدل بين المعتزلة وغيرهم في صفات الله وماهية الروح ، وكان للباقر رأيه في ذلك كله غير أنه كان لا يشجع البحث في ذات الله تعالى ، شأنه في ذلك شأن علماء السلف عموما ، في اعتبار أن ذلك خارج عن طاقة العقل ، وشارك المعتزلة في آرائهم التنزيهية وإبعاد الجسمية عن الله تعالى لما رووا أنه سئل عن تفسير غضب الله ، فقال : المقصود به عقابه ، وليس غضبه كغضب البشر ...

وكان اقتصار الباقر على الإمامة الروحية وإقباله على علم الحديث ورفضه الاشتراك مع الثوار القائمين بالدعوة لآل البيت حوّل أنظار الشيعة المتحمسين إلى أخيه زيد بن علي الذي سبق الحديث عنه في فرقة الزيدية ، وهي الفرقة التي كانت أكثر حركية وانفتاحا على ما انغلقت عليه الشيعة الإمامية في ذلك الوقت المستندة على مثل هذه الآراء المنسوبة للإمام الباقر ، والتي قد تبدو أنها لا تخلو من التعصب والعداء الصريح لكل الفرق الأخرى.

ومنها

كلام الفاضل المعاصر المستشار عبد الحليم الجندي في «الإمام جعفر الصادق» (ص ١٤١ ط المجلس الأعلى للشئون الإسلامية ، القاهرة) قال :

انصرف الإمام محمد الباقر للعلم بكله. فهذا أول دروس أبيه له. بقر العلم أي تبحر فيه فسمي الباقر.

روى علم أبيه وجديه الحسين والحسن وجد أبيه ـ علي ـ وجادل عبد الله ابن عباس.