وهو أحد الأئمة الإثنا عشر من اعتقاد الإمامية ، ووالد جعفر الصادق.

وكان عالما ، سيدا ، كبيرا ، وإنما قيل له الباقر : لأنه تبقر في العلم ، أي توسع ، والتبقر : التوسع ، وفيه يقول الشاعر :

وتوفي سنة ثلاث عشرة ومائة بالحميمة ، بلد من أرض السراة في أطراف الشام ، ونقل إلى المدينة ودفن بالبقيع.

ومنهم الشيخ عبد الله بن عمر البارودي في «تعليقات محاسن المساعي في مناقب عمرو الأوزاعي» (ص ٦٩ ط دار الجنان ، بيروت) قال :

في شذرات الذهب ١ / ١٤٩ : أنه سنة أربع عشرة ومائة توفي السيد أبو جعفر محمد الباقر بن علي بن الحسين بن علي بن أبي طالب ، ولد سنة ست وخمسين من الهجرة ، وروى عن أبي سعيد الخدري وجابر وعدة ، وكان من فقهاء المدينة وقيل له الباقر لأنه بقر العلم أي شقه وعرف أصله وخفيه وتوسع فيه ، وهو أحد الأئمة الإثني عشر على اعتقاد الإمامية ، قال عبد الله بن عطاء : ما رأيت العلماء عند أحد أصغر منهم علما عنده ، وله كلام نافع في الحكم والمواعظ .. مات رضي‌الله‌عنه عن ست وخمسين سنة ودفن بالبقيع مع أبيه وعم أبيه الحسن والعباس رضي‌الله‌عنهم.

ومنهم الشيخ أبو الفوز محمد بن أمين البغدادي السويدي في «سبائك الذهب في معرفة قبائل العرب» (ص ٣٢٩ ط دار الكتب العلمية ، بيروت) قال :

وكان خليفة أبيه من بين أخوته ووصيه والقائم بالأمر من بعده ، وكان معتدل القامة ، أسمر اللون ، نقش خاتمه : رب لا تذرني فردا ، وقيل : ظني بالله حسن ، وبالنبي المؤتمن ، وبالوصي ذي المنن ، وبالحسين والحسن ، ولم يظهر عن أحد من أولاد الحسين من علم الدين والسنن وعلم السير وفنون الأدب ما ظهر عن أبي جعفر